结论：事业单位工作人员自动离职的后果涉及多个方面，包括工资结算、社保与档案处理、法律责任等，同时单位也会有一系列的处理流程。以下是对这些后果及处理流程的详细分析。
一、对劳动者的后果
工资结算：
- 事业单位有权根据自动离职给工作造成的实际损失，扣除相应工资后支付剩余部分。若损失难以确定，可能会按照一定比例或固定金额进行扣减。
社保与档案处理：
- 社保关系可能因自动离职而中断，影响未来的社保待遇。同时，人事档案可能被冻结或转移至人才交流中心，这对未来就业和职业发展可能产生不利影响。
法律责任：
- 若自动离职行为给单位造成重大损失，单位有权依法追究劳动者的赔偿责任。在极端情况下，如涉及挪用公款等违法行为后潜逃，还可能涉及刑事责任。
二、单位的处理流程
确认事实：
- 事业单位会通过考勤记录、同事证言等方式核实自动离职的事实，确保处理的准确性和公正性。
通知与催告：
- 在确认自动离职事实后，单位会向劳动者发出书面通知，要求其限期返岗或办理相关手续。这是给予劳动者改正错误的机会，也是单位履行管理职责的体现。
解除劳动关系：
- 若劳动者在规定期限内未回应或未返岗，单位可依法解除劳动合同，并出具相关证明。这是单位对自动离职行为的最终处理决定，也是维护单位正常秩序的必要措施。
后续处理：
- 解除劳动关系后，单位会停发工资、社保，并封存档案。若有必要，单位还会申请劳动仲裁或提起诉讼，以维护自身合法权益。
三、自动离职与辞职的区别
- 主动性：自动离职是单方面擅自离职，而辞职是主动提出并与单位协商一致。
- 程序要求：自动离职无需提前通知或审批，而辞职需提前30天书面通知（试用期提前3天）。
- 法律后果：自动离职可能被追责且无经济补偿，而辞职在符合条件时可获得经济补偿。
- 社保处理：自动离职可能导致社保中断且影响未来权益，而辞职则社保正常转移接续。
四、建议与注意事项
对劳动者：
- 避免冲动离职，无论何种原因都应通过合法途径解决矛盾。
- 规范离职程序，提前提交书面辞职申请并完成工作交接，确保社保、档案顺利转移。
- 保留劳动合同、工资条等材料作为维权证据。
对单位：
- 完善管理制度，明确旷工、擅自离岗的处理条款，并通过培训强化员工意识。
- 及时采取措施，发现自动离职倾向时立即启动催告程序以降低损失风险。
- 合规处理争议，依法依规办理解除手续以避免劳动纠纷。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条：劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
- 《中华人民共和国公务员法》第八十八条：公务员旷工或者因公外出、请假期满无正当理由逾期不归连续超过十五天，或者一年内累计超过三十天的，予以辞退。
- 《事业单位人事管理条例》第十五条：事业单位工作人员连续旷工超过15个工作日，或者1年内累计旷工超过30个工作日的，事业单位可以解除聘用合同。
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