结论前置：

1. 旷工一天扣除三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。它违反了《劳动法》及相关法规中关于不得无故克扣或拖欠劳动者工资的规定。
2. 企业规章制度或劳动合同中虽有规定，但不一定合法有效。即使规章制度或劳动合同中明确规定了旷工一天扣三天工资，这一规定也需经过合法程序制定、公示，并符合法律法规的合理性要求，否则对劳动者不具有法律效力。

详细分析：

一、法律依据与劳动者权益

• 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保护劳动者劳动报酬权益的基本法律框架。
• 旷工一天，劳动者仅当天未提供劳动，因此用人单位最多只能不支付当天的工资。扣除三天工资的做法超出了合理范围，侵害了劳动者获取劳动报酬的权益。

二、企业规章制度的有效性

• 用人单位有权根据自身的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，并通过规章制度对员工的考勤等进行管理。
• 但这些规章制度必须符合法律规定，经过民主程序制定（如与工会或职工代表平等协商确定），并向劳动者明确公示告知。如果规章制度未经这些程序，或内容违反法律规定（如旷工一天扣三天工资），那么该规定对劳动者不具有法律效力。

三、经济损失与赔偿

• 如果劳动者旷工的行为给用人单位造成了实际经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿损失。
• 但这种赔偿应当基于实际损失的合理计算，并提供相应的证据支持。直接以扣三天工资这种明显不合理的方式进行赔偿，是不被法律所认可的。

四、合法合理的处理方式

• 对于劳动者的旷工行为，用人单位应当依据公司的规章制度或劳动合同约定进行处理。
• 处理方式可以包括给予警告、记过、扣减绩效考核分数、扣减奖金等，但这些处理方式都应当在合法、合理、公正的范围内进行，不能违反国家法律法规的规定。例如，可以扣除旷工当天的工资，但不应额外扣除其他天数的工资。

五、劳动者的维权途径

• 如果劳动者认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。
• 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以依法提起诉讼。

综合建议：

• 用人单位在制定规章制度时，应确保其内容符合法律法规的要求，避免过度惩罚员工，以维护劳动关系的和谐稳定。
• 劳动者在遇到类似纠纷时，应了解自己的权益并采取适当的法律措施来维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。
• 无论是用人单位还是劳动者，都应增强法律意识，遵守相关法律法规，共同营造一个公平、合理的劳动环境。