免于起诉是否会有案底，需根据具体情况和法律规定来判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、免于起诉的基本概念与情形
免于起诉，在现行法律中主要体现为不起诉制度，它包括法定不起诉、酌定不起诉（相对不起诉）和证据不足不起诉三种情形。
法定不起诉：
- 法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条及第一百七十七条第一款。
- 情形描述：犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在情节显著轻微、危害不大等特定情形，不认为是犯罪的。
- 案底情况：由于犯罪嫌疑人从法律意义上不构成犯罪或依法不应被追究刑事责任，因此不会留有案底。
酌定不起诉（相对不起诉）：
- 法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条第二款。
- 情形描述：犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的。
- 案底情况：尽管未被起诉，但被不起诉人事实上被认定构成犯罪，只是由于情节轻微等原因而未被起诉。在司法实践中，部分地区可能会认为行为人有违法犯罪的相关记录，这可能对行为人产生一定影响，如职业准入、社会信用评价等。但从严格意义上讲，没有法院的有罪判决，不构成正式的犯罪记录。不过，为了保险起见，我们仍需认识到这种可能性，并在必要时寻求法律帮助以消除不良影响。
证据不足不起诉：
- 法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条第四款。
- 情形描述：对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的。
- 案底情况：现有证据无法证明犯罪嫌疑人有罪，因此不能认定犯罪嫌疑人构成犯罪，不会留下案底。但需注意，若后续有新证据出现，且证明犯罪嫌疑人构成犯罪，则可能面临法律追究。
二、案底的实际影响与应对建议
实际影响：
- 案底，即犯罪记录，一旦产生将终身保存，并可能对个人的名誉、就业、社会评价等多个方面产生不利影响。特别是涉及特殊职业如公务员、司法人员、教师等的招录时，案底可能成为重要的考量因素。
应对建议：
- 了解自身权益：在面对可能的刑事诉讼时，应充分了解自身权益及可能面临的法律后果，包括免于起诉与案底的关系。
- 咨询专业律师：如有任何疑问或担忧，建议直接向我咨询，我可以根据具体情况提供准确的法律解答和帮助。
- 合法途径查询：对于已产生的案底记录，应通过合法途径查询，并了解如何消除或减轻其不良影响。
三、特殊情况下的考虑
未成年人犯罪记录的封存：
- 未成年人犯罪记录会被封存，一般情况下不得向任何单位和个人提供。但在司法机关办案需要或有关单位根据国家规定进行查询时，仍可以查询到相关记录。这体现了法律对未成年人的特殊保护。
公安机关的记录：
- 即使检察院作出不起诉决定，如果之前案件经过了公安机关的侦查，并在侦查过程中产生了相关记录（如拘留、取保候审等），这些记录在公安机关是可能会留存的。但这些记录并不等同于正式的犯罪记录，其影响也相对较小。
总结来说，免于起诉是否会有案底，取决于具体情形。若因无违法犯罪事实而被法定不起诉，则明确无案底；若因犯罪情节轻微或特定情形被酌定不起诉，或虽因证据不足但仍有潜在犯罪嫌疑而被不起诉，则可能在相关系统中留有记录，对个人产生一定影响。因此，在面对可能的刑事诉讼时，应充分了解自身权益及可能面临的法律后果，并在必要时寻求专业律师的帮助。