职务侵占案件主要由公安机关的经济犯罪侦查部门（经侦部门）负责处理。以下从不同角度为您详细分析：

一、职能管辖角度

1. 公安机关：

   • 职务侵占罪属于公诉案件，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关规定，刑事案件的侦查主要由公安机关进行。职务侵占罪不属于法律特别规定由其他机关侦查的案件范畴，因此，当公司、企业或其他单位人员利用职务便利非法占有本单位财物且数额较大时，被害人可向犯罪地的公安机关报案，公安机关将依法受理并展开侦查。
   • 具体来说，公安机关的经济犯罪侦查部门（经侦部门）是专门负责经济犯罪案件侦查的专业机构，具备处理经济犯罪所需的专业知识、技能和经验。职务侵占作为典型的经济犯罪，涉及财产权益和公司管理秩序，经侦部门能够精准排查犯罪线索、有效收集固定证据，并追捕犯罪嫌疑人。

2. 人民检察院：

   • 公安机关侦查终结后，会将案件移送至人民检察院进行审查起诉。人民检察院将对案件进行全面审查，包括事实是否清楚、证据是否确实充分、犯罪性质和罪名认定是否正确等。若认为犯罪事实已查清，证据确实、充分，应依法追究刑事责任的，人民检察院将向人民法院提起公诉。

3. 人民法院：

   • 人民法院负责职务侵占罪的审判工作。通过开庭审理，听取控辩双方意见，对案件事实和证据进行审查判断，并最终依法作出判决。

二、地域管辖角度

1. 犯罪地管辖为主：

   • 根据《公安机关办理刑事案件程序规定》，刑事案件一般由犯罪地的公安机关管辖。犯罪地包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。对于职务侵占案件，这通常指实施侵占行为的地点（如公司办公场所、仓库）和财产损失实际发生的地点（即被害单位所在地）。

2. 被告人居住地管辖为辅：

   • 如果由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜，可以由其居住地的公安机关管辖。这里的“居住地”包括户籍所在地和经常居住地。经常居住地是指公民离开户籍所在地最后连续居住一年以上的地方（住院就医除外）。

三、实际案例与操作建议

• 实际案例：假设A公司位于甲市，其员工李某在乙市的分公司工作期间利用职务便利将公司财物非法占为己有。在此情况下，甲市（犯罪结果发生地）和乙市（犯罪行为发生地）的公安机关均具有管辖权。A公司可以向甲市或乙市的公安机关报案，公安机关将依法受理并展开侦查。

• 操作建议：

  • 及时报案：一旦发现职务侵占犯罪行为，应及时向犯罪地的公安机关经侦部门报案，并提供相关证据材料。
  • 配合调查：在公安机关调查过程中，应积极配合，提供必要的协助和信息，以便公安机关尽快查明案件事实。
  • 关注进展：及时关注案件进展，与公安机关保持沟通，了解案件处理情况。

四、法律后果与维权途径

• 法律后果：若确认存在职务侵占行为，经济犯罪侦查部门将依法追究涉案人员的刑事责任，确保法律的严肃性和公正性。同时，经济犯罪侦查部门还会积极追回被侵占的财物，以维护单位的合法权益和社会经济秩序的稳定。

• 维权途径：除了向公安机关报案外，受害人或相关单位还可以考虑通过民事诉讼途径追究涉案人员的民事责任，要求赔偿损失。在民事诉讼中，受害人需要提供充分的证据证明自己的损失和涉案人员的过错。

综上所述，职务侵占案件主要由公安机关的经济犯罪侦查部门负责处理，同时涉及人民检察院的审查起诉和人民法院的审判工作。在地域管辖上，以犯罪地管辖为主，被告人居住地管辖为辅。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。