结论：转让方未向发包方提出转让申请，但协议已备案，这并不直接等同于经发包方同意。是否构成发包方同意，需结合具体情况及相关法律规定进行综合判断。

分析如下：

1. 备案与同意的法律关系：

   • 备案通常是一种行政管理手段，用于记录或公示某些法律行为或事实，以便于监管或查询。它本身并不直接产生法律上的权利义务关系，也不必然代表相关方的同意或认可。
   • 在建设工程合同中，转让方未向发包方提出转让申请而直接进行备案，这一行为可能违反了合同中的相关约定或法律规定，因为转让通常需要得到发包方的明确同意。

2. 发包方同意的认定：

   • 发包方的同意应当是明确、具体的，通常表现为书面形式或其他可证明的方式。仅仅因为协议已备案，并不能直接推断出发包方已经同意转让。
   • 如果转让方能够证明发包方在备案前已经以某种方式（如口头、书面或行为）表示了同意，那么可以认为转让是有效的。但这种情况需要充分的证据支持。

3. 可能的法律后果：

   • 如果转让未经发包方同意，那么转让行为可能构成违约或违法，转让方可能需要承担相应的法律责任，如赔偿损失、继续履行合同等。
   • 对于受让方来说，如果其明知或应知转让未经发包方同意而仍然接受转让，那么其也可能需要承担一定的法律责任。

4. 建议与措施：

   • 转让方在转让前应当明确向发包方提出转让申请，并获得其书面同意。这是避免法律纠纷和确保转让有效性的关键步骤。
   • 如果已经发生了未经发包方同意的转让行为，建议转让方和受让方尽快与发包方进行沟通协商，寻求解决方案。如果无法协商解决，可能需要通过法律途径来维护自己的权益。

进一步思考：

• 在实际操作中，建设工程合同的转让往往涉及复杂的法律关系和利益平衡。因此，在进行转让前，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。
• 同时，各方应当注重合同的履行和监管，确保合同条款的严格遵守和执行。这有助于减少法律纠纷的发生并维护各方的合法权益。

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