侵占集体土地的行为，主要归属于自然资源主管部门、农业农村主管部门以及乡（镇）人民政府进行管理，具体取决于侵占的性质和情形。以下是对这一问题的详细分析：

1. 自然资源主管部门

   • 职能依据：根据《中华人民共和国土地管理法》，国务院自然资源主管部门统一负责全国土地的管理和监督工作，县级以上地方人民政府自然资源主管部门则根据省、自治区、直辖市人民政府的规定确定其具体职责。
   • 管理范围：对于未经批准或采取欺骗手段骗取批准非法占用集体土地进行建设（如违规建造厂房、私搭乱建住宅），或超过批准数量占用土地的情况，自然资源主管部门有权进行查处。他们可以责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，没收这些建筑物和设施，并可处以罚款。

2. 农业农村主管部门

   • 职能依据：依据《中华人民共和国农村土地承包法》，县级以上地方人民政府农业农村主管部门负责本行政区域内农村土地承包经营及承包经营合同的管理，监督农村土地的承包、流转等。
   • 管理范围：虽然农业农村主管部门主要管理农村土地承包经营权的问题，但在某些情况下，如涉及农村集体土地被非法侵占用于非农业用途，且该行为与土地承包经营权有关联时，农业农村主管部门也可能介入处理。不过，更常见的是，对于农村村民未经批准或骗取批准非法占用土地建住宅的情况，若该土地属于集体所有，农业农村主管部门在职责范围内也会进行相应管理，如责令退还土地，并限期拆除新建房屋。但需注意，对于非住宅类的非法占地建设，主要仍由自然资源主管部门负责。

3. 乡（镇）人民政府

   • 职能依据：依据《中华人民共和国城乡规划法》，乡、镇人民政府对乡、村庄规划区内的建设活动有监管职责，对未依法取得乡村建设规划许可证或违反规划建设的行为有权责令停止并限期改正。
   • 管理范围：在农村集体土地上，如果侵占行为违反了乡村建设规划，且未取得相关许可，乡（镇）人民政府有权进行查处。他们可以责令停止建设，限期改正，并可能处以罚款。

额外建议：

• 在处理侵占集体土地的问题时，受害者或知情者应首先明确侵占的具体情形和性质，以便选择合适的举报途径。
• 同时，准备好相关证据，如土地权属证明、侵占现场的照片或视频等，以便在举报时提供有力支持。
• 如果侵占行为涉嫌犯罪，如非法占用农用地罪等，受害者或知情者还可以直接向当地公安机关报案。

法律后果：

• 对于非法占用土地的行为，相关主管部门将依法进行查处，并可能对责任人员给予行政处分或追究刑事责任。
• 受害者也有权要求侵占者停止侵权、返还土地并赔偿损失。

综上所述，侵占集体土地的行为涉及多个管理部门，具体由哪个部门管理需根据侵占的性质和情形来确定。在处理此类问题时，建议受害者或知情者根据实际情况选择合适的举报途径，并准备好相关证据以支持举报。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。