厂房内搭建二层是否合法，主要取决于是否获得了相关部门的合法审批手续，并且是否符合建筑安全、消防等各项规定。以下是对这一问题的详细分析：

一、合法搭建的条件与程序

1. 规划审批

   • 业主需向当地规划部门提交搭建申请，包括详细的搭建方案、设计图纸等。规划部门将依据城市总体规划、区域详细规划及历史文化保护要求，对搭建方案进行审查。
   • 若搭建方案符合规划要求，且不会对周边环境和历史风貌造成不良影响，规划部门将依法予以批准。未经批准擅自搭建，将构成违法建设。

2. 建筑安全与结构鉴定

   • 在搭建前，必须由具备相应资质的建筑设计单位进行结构设计，并确保搭建后不会危及原有厂房的结构安全。
   • 施工过程应由专业施工单位进行，并遵循相关建筑规范和质量标准。搭建完成后，需通过建筑结构安全鉴定机构的鉴定，确认其安全性后方可投入使用。

3. 消防审批与验收

   • 搭建二层需满足消防安全疏散、防火分隔等规定，确保在紧急情况下人员能够安全疏散。
   • 需向消防部门提交消防设计方案，并通过审查。搭建完成后，消防部门将进行验收，确保消防设施配备齐全且符合标准。

二、违法搭建的后果

1. 违反规划法规

   • 未获得规划部门批准擅自搭建二层，将破坏城市规划秩序，影响城市形象和发展。
   • 相关部门将责令限期拆除违法建筑，并可处以罚款。罚款金额根据违法建设的性质、情节和后果等因素确定。

2. 安全隐患

   • 擅自搭建可能导致厂房及周边建筑存在安全隐患，如承重不足、结构不稳定等。
   • 一旦发生安全事故，业主将承担法律责任，并可能面临巨额赔偿。赔偿金额根据事故造成的损失和业主的过错程度等因素确定。

3. 消防隐患

   • 不符合消防规定的搭建将严重影响人员疏散和消防救援工作。
   • 消防部门将责令整改并处以罚款，情节严重的还可能被责令停产停业整顿。

三、建议与总结

在厂房内搭建二层前，业主应充分了解相关法律法规和审批流程，咨询当地规划和建设部门获取具体指导。同时，应重视建筑安全和消防安全，确保搭建活动合法合规，避免不必要的法律风险和安全隐患。具体来说：

• 提前规划：在搭建前，应详细规划搭建方案，包括结构、安全、消防等方面，并咨询专业机构进行评估。
• 依法申请：按照当地规划部门的要求，提交搭建申请和相关材料，等待审批结果。
• 确保安全：在搭建过程中，应严格遵守建筑规范和质量标准，确保搭建后的结构安全。
• 通过验收：搭建完成后，应通过建筑结构安全鉴定和消防验收，确保符合相关要求。

若您在厂房内搭建二层方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供详细的法律建议和指导。