在处理行政案件时，若遇到事实不清、证据不足的情况，处理方式需依据案件所处的具体阶段和相关法律法规来细致分析。以下是对此问题的详细解答：

一、总体原则

在处理行政案件时，我们应坚守“疑罪从无”的原则，即对于证据不足的案件，不能轻易认定违法事实或作出不利于当事人的行政决定。这一原则体现了对法律程序的尊重和对当事人权益的保护。

二、行政机关作出行政行为阶段

1. 补充调查取证：

   • 行政机关在作出行政决定前，若发现证据不足，有责任进一步调查收集证据，以达到作出行政行为所需要的证明标准。这可能包括询问相关证人、收集书证物证、进行现场勘查等。
   • 法律依据：主要依据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规，这些法规明确了行政机关在作出行政行为前的举证责任。

2. 不得作出行政行为：

   • 若经过充分调查后，证据仍无法达到证明行政相对人存在违法或应受某种行政处理的事实，行政机关不得作出不利于行政相对人的行政决定。
   • 实例说明：如环保部门在没有足够证据证明当事人存在环保违法行为时，就不能对其作出行政处罚决定。

三、行政复议阶段

1. 决定撤销或变更：

   • 复议机关经审查认为证据不足时，可以决定撤销或变更原行政行为，并责令被申请人在一定期限内重新作出具体行政行为。
   • 法律依据：《中华人民共和国行政复议法》赋予了复议机关这一权力。
   • 实例说明：若原行政处罚决定所依据的证据不足，复议机关可撤销该处罚决定，并要求行政机关重新调查后依法作出处理。

2. 责令被申请人补充证据：

   • 复议机关也可以责令被申请人在一定期限内补充证据。若补充后证据满足要求，复议机关可维持原行政行为；若不满足，则会作出不利于被申请人的复议决定。

四、行政诉讼阶段

1. 判决撤销或者部分撤销：

   • 法院在审理过程中，若认为行政行为证据不足，会判决撤销或部分撤销该行政行为，并可以判决被告重新作出行政行为。
   • 法律依据：《中华人民共和国行政诉讼法》是法院作出此类判决的法律依据。
   • 实例说明：在治安管理处罚案件中，若公安机关提供的证据不足以证明当事人实施了相应违法行为，法院会判决撤销该拘留处罚决定。

2. 确认违法：

   • 对于不具有可撤销内容或撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的特殊情况，法院会判决确认行政行为违法，并可判决行政机关给予相应赔偿。
   • 实例说明：若行政机关违法拆除相对人房屋且无法恢复原状时，法院会确认拆除行为违法，并判决行政机关赔偿。

五、特殊情形处理

1. 撤案处理：

   • 在行政案件办理过程中，如果发现证据不足且无法证明违法事实的存在或确定违法嫌疑人，公安机关应当依法作出撤案处理。
   • 这体现了对案件的审慎态度和对法律程序的尊重。

2. 不予行政处罚：

   • 行政机关在调查终结后，若违法事实不能成立或证据不足，应当作出不予行政处罚的决定。
   • 法律依据：同样依据《中华人民共和国行政处罚法》。

3. 行政赔偿或退还罚款：

   • 若行政机关已作出行政处罚决定但事后发现证据不足，应撤销该决定并对受处罚的当事人进行行政赔偿或退还罚款。
   • 这旨在维护当事人的合法权益，确保行政行为的合法性和公正性。

综上所述，对于证据不足的行政案件，处理方式需根据案件所处阶段和具体情况进行灵活调整，并始终遵循“疑罪从无”原则和相关法律法规的规定。通过补充调查取证、撤案处理、不予行政处罚以及行政赔偿或退还罚款等措施，我们可以确保案件的公正、合法和有效处理。