储值卡过期作废的合法性需根据具体情况及相关法律法规来判断，以下分情况说明：
一、一般情况下可能不合法
格式条款问题：
- 商家设定的储值卡过期作废规定，往往被视为格式条款。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，若此格式条款不合理地免除商家责任、加重消费者责任、限制或排除消费者主要权利（如卡内余额的支配权），则该条款无效。
- 储值卡中的金额是消费者预先支付的，其所有权归属于消费者，商家无权单方面剥夺消费者对卡内余额的使用权。
公平原则问题：
- 商家在收取款项后，通过过期作废条款将未消费完的余额据为己有，这违背了《中华人民共和国民法典》中规定的公平原则。
- 消费者有权要求商家继续提供服务或退还剩余金额。
有效期设置问题：
- 即使储值卡上注明了有效期，但如果该有效期过短，导致消费者无法在合理时间内使用完卡内余额，也可能被视为不公平、不合理的规定，存在违法的风险。
- 特别是根据《单用途商业预付卡管理办法（试行）》的规定，记名卡不得设有效期；不记名卡有效期不得少于3年。发卡企业或售卡企业对超过有效期尚有资金余额的不记名卡应提供激活、换卡等配套服务。
二、特殊情形下可能合法
双方有明确约定且公平合理：
- 如果商家在消费者办理储值卡时，就过期作废的条款进行了充分的沟通和协商，消费者明确知晓并同意该条款，且条款设定公平合理（如在有效期内给予足够优惠、便利或服务，且有效期符合行业惯例和消费周期），则在这种情况下，过期作废的约定可能被认定为有效。
不可抗力或情势变更导致：
- 如遇自然灾害、政府政策调整等不可抗力因素，或情势变更导致商家无法按原约定提供服务，且商家已尽到合理的通知和说明义务，那么在这种特殊情况下，商家规定储值卡过期作废可能具有合理性。但即便如此，商家也应与消费者协商解决方案，如延期使用、退还部分款项等。
三、消费者应对措施
- 仔细查看条款：在使用储值卡前，消费者应仔细查看卡片上的有效期及其他相关规定，确保自己了解并同意这些条款。
- 与商家协商：如果遇到储值卡过期作废的问题，消费者首先应尝试与商家协商解决，要求商家按照法律规定或合同约定处理。
- 投诉与诉讼：若协商不成，消费者可以向消费者协会、市场监督管理部门投诉，或通过向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
总结来说，储值卡过期作废的合法性并非一成不变，而是需根据具体情况及相关法律法规来判断。作为消费者，在使用储值卡时应保持警惕，仔细阅读并理解相关条款，保护好自己的权益。如果遇到问题，不要犹豫，及时采取措施维护自己的合法权益。