针对您提出的“没有医师注册的医疗机构怎么处罚”这一问题，这实际上涉及到了非法行医的两个方面：一是医师未经注册行医，二是医疗机构无证行医。我将结合这两方面的法律规定，为您详细解析可能的处罚措施。

一、医师未经注册行医的处罚

1. 行政责任：

   • 医师若未经注册而行医，县级以上人民政府卫生健康主管部门将责令其立即停止非法执业活动。
   • 同时，会没收其违法所得以及用于非法行医的药品、器械等物品。
   • 还将面临罚款，罚款金额根据违法所得的情况而定，可并处违法所得二倍以上十倍以下的罚款；若违法所得不足一万元，则处以一万元以上十万元以下的罚款。
   • 在情节严重的情况下，医师还可能受到警告、暂停执业6个月以上1年以下，甚至吊销执业证书的处罚。

2. 民事责任：

   • 若医师未经注册行医造成患者人身损害，将构成民事侵权，需承担赔偿责任，包括医疗费、护理费、交通费等合理费用，以及因误工减少的收入。若造成残疾或死亡，还需赔偿相应的辅助器具费、残疾赔偿金、丧葬费和死亡赔偿金。

3. 刑事责任：

   • 未经注册行医情节严重的，可能构成非法行医罪，面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金的刑罚。若严重损害就诊人身体健康或造成就诊人死亡，刑罚将更为严厉。

二、医疗机构无证行医的处罚

1. 行政责任：

   • 无医疗机构执业许可证行医的，县级以上人民政府卫生健康主管部门将责令其立即停止执业活动。
   • 没收违法所得以及用于非法行医的药品、器械等物品。
   • 罚款金额根据违法所得的情况而定，可并处违法所得5倍以上20倍以下的罚款；若违法所得不足一万元，则按一万元计算并给予相应罚款。
   • 在情节严重的情况下，还可能面临责令停业整顿、吊销相关证照等更加严厉的行政处罚。

2. 刑事责任：

   • 若无证行医情节严重，同样可能构成非法行医罪，面临与医师未经注册行医相同的刑事处罚。

总结与建议：

没有医师注册的医疗机构行医，无论是医师还是医疗机构本身，都将面临严重的法律后果。这不仅包括行政处罚，如责令停止执业、没收违法所得、罚款等，还可能涉及民事责任和刑事责任。因此，我强烈建议所有从事医疗活动的人员和机构必须依法取得相应的执业许可和资格认证，确保医疗服务的合法性和安全性。同时，公众也应提高警惕，选择有合法资质的医疗机构就医，以维护自身健康权益。