摩托车因交通违法被扣6分并罚款200元，需按以下步骤处理：

1. 确认违法事实与处罚依据
   首先需通过交警部门出具的《公安交通管理简易程序处罚决定书》或短信通知，确认具体违法行为（如闯红灯、超速、未佩戴安全头盔等）。不同违法行为的处罚依据不同，例如：

   • 闯红灯（代码1625）：记6分、罚款200元；
     
   • 驾驶摩托车未按规定戴安全头盔（代码1207）：记1分、罚款50-200元（若合并其他违法可能累计扣分）。
     若对违法事实有异议，可在收到处罚决定书后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。

2. 缴纳罚款

   • 方式：通过“交管12123”APP、银行柜台、自助终端或交警窗口缴纳罚款。
     
   • 期限：需在15日内完成缴纳，逾期每日按罚款数额的3%加处罚款（最高不超过本金），且可能影响驾驶证审验。
     
   • 示例：若罚款200元，逾期10天未缴，需额外支付60元滞纳金。

3. 处理记分

   • 记分会在缴纳罚款后自动录入系统，一个记分周期（12个月）内累计扣分未达12分的，系统会在周期结束时自动清零。
     
   • 若累计扣分达12分：需参加7天交通安全教育并重考科目一，合格后清分；拒不参加学习或考试的，驾驶证将被停止使用。

4. 特殊情形处理

   • 驾驶证被暂扣：若因记分达到12分被暂扣驾驶证，需在15日内到车管所报名学习，逾期未处理可能面临吊销驾驶证风险。
     
   • 外地违法：可通过“交管12123”APP处理全国范围内的违法记录，无需返回违法发生地。

温馨提示：

• 日常驾驶中建议开启“交管12123”APP的违法提醒功能，及时处理避免滞纳金。
  
• 若驾驶证即将到期，建议先处理违法记录再办理换证，否则可能影响业务办理。
  

如有其他细节需要进一步分析（如违法地点、具体行为等），可直接向我说明，我会结合具体情形为您补充解答。