在法律层面上，目前并没有明确的条款直接规定在商品房内存放骨灰为违法行为，但这一行为涉及多个法律与道德层面的问题，需全面分析。以下是从不同角度对这一问题的详细解答：
物权法角度：
- 商品房业主对其房屋享有占有、使用、收益和处分的权利。从这一角度看，存放骨灰理论上可以被视为对房屋的一种使用方式。
- 然而，这种使用方式必须遵守相关法律法规，且不得侵犯其他业主的合法权益。如果存放骨灰的行为导致其他业主的生活受到干扰或影响，可能构成对物权法的违反。
伦理道德与社会公德角度：
- 将骨灰存放在居住性质的商品房内，很可能与社会大众普遍接受的伦理道德观念和风俗习惯相冲突。在中国传统文化中，对于骨灰的处理有着特定的习俗和礼仪，居民楼内存放骨灰可能引发邻里关系紧张和其他业主的不满。
- 这种违背公序良俗和社会公德的行为，不仅可能影响社区和谐，还可能导致法律纠纷，如被其他业主起诉要求停止侵害、排除妨碍等。
小区管理规定与商品房买卖合同角度：
- 小区的管理规定或商品房买卖合同中往往包含关于房屋使用方式的限制条款。这些规定或条款可能明确禁止将房屋用于存放骨灰等特定用途。
- 如果违反这些规定或条款，可能构成违约行为，需要承担相应的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
法律建议：
- 在考虑将商品房用于存放骨灰之前，强烈建议仔细审查小区的管理规定和商品房买卖合同，确保自己的行为不会违反相关规定或条款。
- 同时，应充分考虑可能引发的法律纠纷和社会矛盾，以及这一行为对邻里关系和社区和谐的影响。
- 如果确实需要存放骨灰，建议寻找更为合适、尊重传统的方式来处理，如选择专门的骨灰存放场所或墓地等。
可能法律后果：
- 如果存放骨灰的行为导致其他业主的生活受到干扰或影响，可能面临被起诉要求停止侵害、排除妨碍等法律责任。
- 如果违反小区管理规定或商品房买卖合同中的相关条款，可能需要承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
综上所述，虽然法律上没有明确规定禁止在商品房内存放骨灰，但鉴于可能引发的法律纠纷、社会矛盾以及违反管理规定的风险，建议谨慎对待这一行为。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。