当公司法人不配合股东变更时，股东可以采取以下合法且有序的步骤来推动法人变更：
明确法律依据与公司章程规定
- 首先，股东应详细查阅公司章程及《中华人民共和国公司法》等相关法律法规，特别是关于法定代表人变更的具体程序、条件以及所需的表决比例。公司章程作为公司的基本法律文件，通常会对法定代表人的变更流程作出明确规定。若法人的不配合行为违反了章程或法律规定，股东可据此采取进一步措施。
尝试沟通与协商
- 在采取正式法律手段之前，股东可与现任法人进行沟通，了解其不配合的原因，并尝试通过协商解决分歧。有时候，简单的沟通就能解决误解或消除顾虑，从而避免不必要的法律纠纷。例如，如果法人是因为对变更后的权益分配有疑虑，股东可以提出合理的补偿方案或调整方案，以促成双方达成一致。
依法召集并召开股东会
- 若沟通无果，股东应按照公司章程及《公司法》的规定，召集并召开股东会会议。会议需按照法定程序进行，包括提前通知所有股东、确保会议的合法性以及表决的有效性。在会议上，就法定代表人变更事宜进行表决，并确保表决结果达到法定或章程规定的比例。通常，股东会决议需代表三分之二以上表决权的股东通过，但具体比例应以公司章程为准。
形成有效决议并采取行动
- 一旦股东会形成了关于法定代表人变更的有效决议，公司应立即着手准备变更登记所需的相关材料，并向原公司登记机关提交变更申请。这些材料通常包括《公司变更登记申请书》、新任法定代表人的任职证明、身份证件复印件等。
向法院提起诉讼以维护权益
- 如果现任法人无视股东会的有效决议，拒绝配合办理变更登记手续，股东有权向法院提起诉讼。诉讼请求可包括确认股东会决议的效力以及要求法人履行配合办理变更登记的义务。法院经审理后，若认为股东会决议合法有效，将作出相应判决。股东可依据该判决再次向法院申请强制执行，以迫使法人配合完成变更登记。
申请工商行政机关协助
- 在提起诉讼的同时或之后，股东还可以向当地工商行政管理部门说明情况，并提交完整的申请材料。工商部门在审核材料齐全、符合法定形式后，可依职权办理法人变更登记手续。但需注意，工商部门可能会谨慎处理此类情况，要求公司提供充分的证明文件以确保变更的合法性。
完善公司治理机制预防类似问题
- 为了避免未来再次出现类似问题，公司应考虑完善公司治理机制。例如，优化公司章程设计，明确法定代表人任免的具体条件、流程及争议解决机制；强化信息披露，建立定期向全体股东通报高管履职情况的制度；构建退出机制，在投资协议中约定股东不配合公司治理时的股权回购条款等。
在处理此类问题时，股东还需注意以下几点：
- 保持冷静与理性：避免与法人发生不必要的冲突或争执，以免加剧矛盾并影响问题的解决。
- 保留证据：在沟通过程中，股东应保留好所有与法人沟通的记录、邮件、短信等证据，以备不时之需。
- 及时咨询：在整个处理过程中，股东如有任何疑问或需要进一步的法律建议，应及时向我咨询，以确保行动的合法性和有效性。
综上所述，当公司法人不配合股东变更时，股东应首先明确法律依据与公司章程规定，尝试沟通与协商；若协商无果，则依法召集并召开股东会形成有效决议；必要时向法院提起诉讼或申请工商行政机关协助以维护自身权益；并最终完善公司治理机制预防类似问题的再次发生。