若银行合并后因经营问题进入破产程序，存款超过50万的部分，需根据存款保险制度及破产清算程序处理，具体分两种情况：

1. 合并后银行正常经营，未进入破产程序
   银行合并本身不会触发存款保险赔付。根据《商业银行法》及《存款保险条例》，合并后的银行会承接原银行的全部债权债务关系，您的存款（包括超过50万的部分）会由合并后的银行继续履行支付义务，存款金额和利息均不受影响，无需申请赔付。

2. 合并后银行因经营问题破产
   若合并后的银行因资不抵债进入破产程序，存款保险制度会启动赔付，但需注意以下关键点：

   • 50万以内全额赔付：同一存款人在同一家银行的存款本金和利息合并计算，50万元以内由存款保险基金全额赔付（利息计算至破产宣告日）。
     
   • 超过50万部分按清算财产分配：超出50万的部分，需等待银行破产清算后，按《企业破产法》规定的清偿顺序分配剩余财产。通常优先级为：职工工资、税费、普通债权（如存款），实际能获赔的比例可能较低，甚至可能无法全额受偿。
     
   • 例外情形：若您能证明银行合并过程中存在欺诈、违规操作等导致损失的行为，可向合并方或责任方主张民事赔偿，但需承担举证责任。

建议行动：

• 关注合并后银行的经营状况，若出现流动性危机或监管部门介入，可提前转移部分存款至其他银行，分散风险；
  
• 保留存款凭证（如存单、账户流水），若银行破产，需在清算组公告的期限内申报债权；
  
• 若对赔付流程有疑问，可直接向我咨询具体操作细节。