关于特殊动产抵押权的设立是否登记生效的问题，我们可以从以下几个方面进行详细阐述：

一、动产抵押权的基本设立原则

根据《民法典》的相关规定，动产抵押权的设立并不以登记为生效要件。具体来说，当抵押人与抵押权人依法签订动产抵押合同时，只要该合同生效，抵押权就随之设立。这一原则同样适用于特殊动产，如交通运输工具、正在建造的船舶、航空器等。这意味着，双方无需办理任何登记手续，抵押权就已经产生法律效力。

二、登记对抗原则的应用

尽管登记不是动产抵押生效的必要条件，但它却具有重要的法律意义，特别是在对抗善意第三人方面。如果抵押权未进行登记，那么在特定情况下，抵押权人可能无法对抗那些不知道抵押存在且已经支付合理对价的善意第三人。例如，如果抵押人在未告知第三人的情况下将抵押的特殊动产转让给该善意第三人，抵押权人就不能以其享有抵押权为由主张对该动产的优先受偿权。

然而，如果抵押权进行了登记，那么抵押权人就能够以此对抗善意第三人。登记作为一种公示手段，可以提醒潜在的买受人注意该动产上存在的抵押权，从而避免在不知情的情况下购买并因此受到损失。

三、特殊动产抵押的特别限制

值得注意的是，对于一些特殊动产，如交通运输工具、正在建造的船舶、航空器等，即便办理了抵押登记，也不能对抗正常经营活动中已支付合理价款并取得抵押财产的买受人。这是因为在这些特殊领域，为了促进交易效率和保护买受人的合法权益，法律对抵押权的对抗效力做了特别限制。

四、登记的建议

虽然动产抵押并非必须登记才能生效，但为了更全面地保护自己的权益并避免后续可能出现的纠纷和风险，建议在设立动产抵押时及时进行登记。通过登记，可以公示抵押权的存在，减少因善意第三人介入而产生的纠纷和风险。同时，登记也可以为抵押权人在实现抵押权时提供更有力的法律保障。

综上所述，特殊动产抵押权的设立并不以登记为生效要件，而是采取登记对抗主义。抵押权自抵押合同生效时设立，但未经登记的抵押权不得对抗善意第三人。因此，在实际操作中，建议抵押权人在设立抵押权时考虑进行登记，以确保自身权益得到充分保护。