客运车超员将面临行政处罚、记分管理，甚至可能承担刑事责任，具体处罚依据超员比例及情节严重程度而定。以下是对客运车超员处罚的详细分析：

一、行政处罚

根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关法律法规，客运车辆超员将面临以下行政处罚：

1. 超员未达20%：

   • 罚款：处二百元以上五百元以下罚款。

2. 超员20%以上未达50%：

   • 罚款：处五百元以上二千元以下罚款。
   • 扣留机动车：由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。

3. 超员50%以上未达100%：

   • 罚款：同样处五百元以上二千元以下罚款。
   • 扣留机动车：由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。
   • 运输单位责任：若运输单位的车辆有此类情形，且经处罚不改，对直接负责的主管人员处二千元以上五千元以下罚款。

4. 超员100%以上：

   • 罚款：处五百元以上二千元以下罚款。
   • 扣留机动车：由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。
   • 运输单位责任：对直接负责的主管人员（如运输单位车辆且经处罚不改）处二千元以上五千元以下罚款。

二、记分管理

依据公安部相关规定，驾驶客运车辆超员还将面临记分处罚，具体如下：

1. 超员未达20%：

   • 驾驶7座以上载客汽车载人超过核定人数未达到20%，记3分。

2. 超员20%以上未达50%：

   • 驾驶7座以上载客汽车载人超过核定人数20%以上未达到50%，记6分。

3. 超员50%以上未达100%：

   • 驾驶7座以上载客汽车载人超过核定人数50%以上未达到100%，记9分。

4. 超员100%以上：

   • 驾驶7座以上载客汽车载人超过核定人数100%以上，记12分。

三、刑事责任

在严重超员的情况下，如从事旅客运输并严重超过额定乘员载客，可能构成危险驾驶罪。根据《刑法修正案（九）》，相关责任人将依法处拘役，并处罚金。这意味着，客运车超员不仅可能面临行政处罚和记分管理，还可能承担刑事责任，对驾驶员和运输单位来说，后果极为严重。

四、特殊情形与加重处罚

1. 多次违法或逃避检查：

   • 对一年内多次实施超员违法行为，或逃避、抗拒执法检查的，将从重处罚。

2. 运输单位责任：

   • 道路运输企业若允许或指使驾驶员超员行驶，除对驾驶员处罚外，还将对企业负责人处以罚款，情节严重的可能吊销企业经营许可证。

3. 保险理赔影响：

   • 超员车辆在发生交通事故时，保险公司可能拒绝赔付超出核定载客人数的部分损失，这进一步增加了运输单位和驾驶员的经济风险。

五、总结与建议

客运车超员是严重的交通违法行为，不仅违反法律法规，还严重威胁乘客的生命安全。作为驾驶员，应严格遵守交通法规，不得超载超员，确保行车安全。同时，运输单位也应加强管理和监督，防止超员现象的发生。对于乘客而言，应选择正规、合法的客运服务，拒绝乘坐超员车辆，共同维护道路交通安全。

若您遇到客运车超员相关问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供详细的法律建议和解决方案。