公司让员工停薪留职是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
双方协商一致的情况：
- 如果公司与员工就停薪留职事宜进行了充分协商，并达成了书面协议，明确约定了停薪留职的期限、待遇等相关事项，那么这种停薪留职是合法的。因为根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。在这种情况下，双方通过协商达成的停薪留职协议，是对原劳动合同的一种变更，只要不违反法律法规的强制性规定，就是有效的。
公司单方面决定的情况：
- 如果公司未经员工同意，单方面决定让员工停薪留职，这通常是不合法的。因为停薪留职涉及到员工的切身利益，包括工资支付、社会保险缴纳等，公司无权单方面作出决定。在这种情况下，员工有权拒绝公司的要求，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者建立劳动关系后，应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。同时，用人单位也应当为劳动者缴纳社会保险费。如果公司未经员工同意，擅自停薪留职，就可能构成违法解除劳动合同或拖欠工资等违法行为。
- 建议：对于员工而言，如果公司提出停薪留职的要求，应当首先与公司进行协商，明确停薪留职的期限、待遇等相关事项，并尽量达成书面协议。如果公司未经协商单方面决定停薪留职，员工应当及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。同时，员工也可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
可能的法律后果：
- 如果公司未经员工同意单方面停薪留职，员工有权要求公司支付拖欠的工资，并可能要求公司支付经济补偿金或赔偿金。具体数额需要根据员工的工资水平、停薪留职的期限以及公司的违法行为情节等因素来确定。
- 如果公司停薪留职的行为构成违法解除劳动合同，员工还有权要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金，赔偿金的标准通常是经济补偿金的两倍。
总结与提醒：
- 停薪留职是否合法，关键在于是否经过双方协商一致。未经协商单方面停薪留职，通常是不合法的。
- 员工在面对公司停薪留职的要求时，应当保持冷静，了解自己的权利和义务，及时与公司协商或寻求法律帮助。
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