行政案件超过追诉时效的，一般不再给予行政处罚，但存在例外情形。具体分析如下：

1. 一般原则：超过追诉时效不再处罚
   根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，追诉时效延长至五年。法律另有规定的除外。
   核心逻辑：行政追诉时效的立法目的是督促行政机关及时履行职责，同时避免因时间过长导致证据灭失、权利义务关系不稳定。若超过法定时效，行政机关原则上丧失处罚权。

2. 例外情形：时效中断与重新计算

   • 时效中断：若违法行为人在追诉时效内因同一违法行为被立案调查、采取强制措施或受到刑事处罚，时效从中断之日起重新计算。
     
   • 连续或继续状态：若违法行为处于连续（如长期非法占地）或继续状态（如持续排放污染物），则从行为终了之日起计算时效。
     示例：某企业长期超标排污，行政机关在第五年发现并立案，此时时效从排污行为结束之日起算，可能仍在追诉期内。

3. 程序性处理：行政机关的义务

   • 行政机关在立案前需主动审查时效问题，若发现已超期，应作出《不予行政处罚决定书》并说明理由。
     
   • 若行政机关仍作出处罚决定，当事人可通过行政复议或行政诉讼主张程序违法，法院将撤销该处罚。
     注意：即使超过时效，行政机关仍可责令当事人改正违法行为（如恢复原状），但不得处罚。

4. 实务建议

   • 对当事人：若收到超期处罚决定，需在复议或诉讼中明确提出时效抗辩，并提供证据证明违法行为被发现时间（如首次调查记录、举报材料等）。
     
   • 对行政机关：建议建立违法行为登记制度，定期梳理未处理案件，避免因疏忽导致时效过期。

总结：行政案件超过追诉时效的，行政机关原则上不得处罚，但需注意时效中断、连续状态等例外情形。若对具体案件时效计算有疑问，可直接向我咨询，我会结合案情进一步分析。