结论：保密协议中约定100万违约金是否合理，并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要结合法律规定、实际损失、行业惯例、违约行为的性质与后果以及商业秘密的价值与重要性等多个因素进行综合判断。
法律基础与原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。然而，这一约定并非毫无限制，如果约定的违约金过分高于造成的损失，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。这体现了法律对违约金合理性的要求，即违约金应以补偿性为主，惩罚性为辅。
合理性考量因素
实际损失：
- 违约金的主要目的是弥补因违约行为给对方造成的损失。因此，在判断100万违约金是否合理时，首先要考虑的是实际损失的大小。如果实际损失远低于100万，那么这一违约金数额可能被视为过高。
- 例如，若因泄密导致的直接经济损失仅为20万，而约定了100万的违约金，那么这一数额很可能被法院或仲裁机构认定为不合理，并可能被调整至实际损失的一定倍数（如1.3倍以内，具体根据案件情况而定）。
行业惯例：
- 在某些高价值领域，如科技研发、商业秘密等，高额违约金可能被视为合理的风险对冲手段。然而，这并不意味着可以随意设定高额违约金，而是需要提供同类协议中类似条款的普遍性证据来支持其合理性。
- 如果行业内普遍约定的违约金数额远低于100万，那么这一数额可能被视为不合理。
违约行为的性质与后果：
- 违约金的设定还应与违约行为的性质和后果相匹配。对于严重的违约行为，如故意泄露核心技术秘密，可以设定较高的违约金以起到惩罚和威慑作用。
- 然而，如果违约行为并非故意或重大过失，且造成的损失相对较小，那么设定过高的违约金可能被视为不合理。
商业秘密的价值与重要性：
- 商业秘密的价值和重要性也是设定违约金时需考虑的关键因素。如果商业秘密具有极高的价值和重要性，那么泄露该秘密可能给受损方带来巨大损失，因此可以设定较高的违约金以保护其利益。
- 然而，这并不意味着可以无视实际损失和行业惯例而随意设定高额违约金。
司法实践中的调整规则
- 在司法实践中，法院或仲裁机构会综合考虑上述因素来判断违约金是否“过分高于”造成的损失。如果认为违约金过高，可能会根据当事人的请求进行适当减少。
- 举证责任通常分配给主张违约金过高的当事人，他们需要提供初步证据证明损失范围或违约金的不合理性。
建议
- 在协议中明确保密信息的具体范围和价值评估依据：这有助于在发生纠纷时准确计算实际损失，并为违约金的合理性提供有力支持。
- 设置分阶段违约金标准：根据泄密信息的重要程度或违约行为的严重程度设置不同级别的违约金，以更灵活地应对不同情况。
- 保留损失计算方法的书面说明作为附件：这有助于在发生纠纷时向法院或仲裁机构展示损失的计算过程和依据，增加违约金的合理性说服力。
- 定期评估保密信息价值变化并更新协议条款：随着市场环境和商业秘密价值的变化，定期评估并更新保密协议中的违约金条款是必要的，以确保其始终符合实际情况和法律规定。
总结来说，保密协议中约定100万违约金是否合理，需要综合考虑多个因素。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。