结论：起诉总公司时，是否可以将分公司列为被告，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、分公司与总公司的法律地位
- 分公司的法律性质：分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格。它虽然可以以自己的名义从事民事活动，但其民事责任最终由总公司承担。
- 总公司的法律性质：总公司作为独立的企业法人，具有完全的民事行为能力和民事责任能力。
二、起诉时的被告确定原则
一般原则：
- 根据《中华人民共和国公司法》第十四条，分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。在诉讼中，如果分公司有足够的财产和能力承担责任，且案件不涉及总公司或其他分公司的利益，通常可以将分公司作为单独的被告进行起诉，但判决结果最终会由总公司承担。
- 然而，从诉讼策略和执行效果的角度考虑，为了确保判决能够得到有效执行，原告往往更倾向于将总公司和分公司列为共同被告。这样，在分公司财产不足以清偿债务时，总公司需承担补充责任，从而更有效地保障债权人的权益。
特殊情形：
- 如果分公司没有独立的财产或资金来承担债务，或者案件涉及总公司或其他分公司的共同责任，那么必须将总公司也列为共同被告。
- 在某些情况下，如合同明确约定由总公司承担责任，或者总公司对分公司的行为有直接的指示或控制，也可能需要将总公司列为被告。
三、实践中的操作建议
调查了解：
- 在提起诉讼前，应充分了解分公司的经营状况和财产状况，以及其与总公司的关系。通过查询工商登记信息、财务报表等方式，评估分公司的偿债能力。
准备充分的证据：
- 无论选择将分公司还是总公司列为被告，都需要准备充分的证据来支持自己的诉讼请求。证据应包括合同、协议、交易记录、沟通记录等能够证明双方权利义务关系和纠纷事实的材料。
考虑诉讼策略：
- 根据案件的具体情况和分公司的偿债能力，考虑是否将总公司和分公司列为共同被告。如果分公司有足够的财产和能力承担责任，且案件不涉及总公司利益，可以单独起诉分公司；但为了确保执行效果，建议同时起诉总公司和分公司。
四、示例说明
假设某公司与其分公司因合同纠纷被起诉：
- 若分公司有独立财产和经营能力：原告可以选择单独起诉分公司，要求其承担合同责任。但考虑到执行效果，原告可能更倾向于同时起诉总公司和分公司。
- 若分公司无独立财产或经营能力：原告必须将总公司和分公司列为共同被告，以确保在分公司财产不足以清偿债务时，总公司能承担补充责任。
五、法律依据
- 《中华人民共和国公司法》第十四条：公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五十二条：依法设立并领取营业执照的分支机构可以作为民事诉讼的当事人。
总结与建议：在起诉总公司时，是否将分公司列为被告需根据案件具体情况和分公司的偿债能力来决定。为了确保判决的有效执行和债权人的权益保障，建议考虑将总公司和分公司列为共同被告。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。