农村违建的认定主要由乡镇人民政府、自然资源部门（原国土资源部门）、农业农村部门以及住房和城乡建设部门等多个部门共同负责，各部门依据其职责和法律法规进行查处。以下是对各部门职责的详细分析：
乡镇人民政府：
- 主要职责：乡镇人民政府在农村违建认定中扮演着重要角色。由于其对本辖区内的土地使用情况最为熟悉，能够及时发现和处理各类违法建设行为。例如，在日常巡查中，乡镇政府的工作人员可以直观地看到是否有村民未经批准擅自搭建房屋、圈舍等建筑物。
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
自然资源部门（原国土资源部门）：
- 主要职责：自然资源部门主要负责土地资源的管理和监督，对于涉及非法占用土地的违建行为进行认定。比如，一些村民在耕地上违规建房，自然资源部门可以通过卫星遥感监测、实地勘查等手段，确定是否存在非法占地以及占地的具体性质和面积等情况。
- 法律依据：依据《中华人民共和国土地管理法》等相关法规，自然资源部门对违反土地管理法律、法规的行为进行监督检查，并有权责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。
农业农村部门：
- 主要职责：农业农村部门在农村宅基地管理改革等方面发挥重要作用，参与农村违建的认定工作。特别是在涉及农村宅基地使用规范和农业设施建设的合规性认定方面，农业农村部门具有专业优势。例如，对于村民超出宅基地规定面积建房或者违规建设农业大棚等设施的情况，农业农村部门可以根据相关政策法规进行认定。
- 法律依据：农业农村部门依据相关农村宅基地管理和农业设施建设的政策法规，对涉及这些方面的违建行为进行认定和处理。
住房和城乡建设部门：
- 主要职责：住房和城乡建设部门侧重于对建筑物的规划、设计和施工等方面进行监管和认定。如果农村违建涉及到违反城乡规划、建筑安全标准等问题，住房和城乡建设部门会介入认定。比如，一些村民在没有取得建设工程规划许可证的情况下擅自建造多层楼房，住建部门可以从规划和建筑质量的角度进行审查和认定。
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法规，住房和城乡建设部门对违反城乡规划、建筑安全标准等行为进行查处。
在实际操作中，农村违建的认定通常遵循以下流程：
- 线索收集与初步调查：通过群众举报、日常巡查发现、卫片执法检查等途径收集线索，并安排工作人员到现场进行初步查看，了解建筑物的基本情况。
- 资料核查：查阅审批文件，核实该建筑物是否办理了相关的用地审批手续、规划许可手续等；比对规划图纸，判断其是否符合规划要求。
- 技术鉴定（如有需要）：对于一些可能存在安全隐患的建筑物，委托专业的检测机构对其结构安全性进行评估；精确测量建筑物的面积、高度、四至范围等数据。
- 综合认定：由乡镇人民政府组织自然资源、农业农村、住建等相关部门进行会商，根据各部门的调查结果和专业意见，综合分析判断该建筑物是否为违建，并出具书面认定意见。
若您遇到农村违建问题，建议首先向当地乡镇人民政府或自然资源部门反映情况，他们可以根据具体情况进行调查和认定，并依法采取相应的处理措施。同时，您也可以咨询我，获取更具体的法律建议和帮助。