公司因未打卡而扣工资是否合法，需根据具体情况判断，关键在于公司规章制度是否合法、合理，并且是否得到了员工的明确同意，同时扣款行为需符合国家法律法规的规定。以下从不同角度为您详细分析：

合法合理的情况

1. 规章制度明确且合法

   • 若公司制定了完善且合法的考勤制度，明确规定了不打卡的处理方式（包括扣工资），且该制度通过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），并向劳动者公示或告知（如组织培训、张贴公告、员工入职时签署知晓文件等），员工也已知悉并同意，那么在这种情况下，因员工未按规定打卡而扣减工资可能被视为合理。
   • 示例：公司《考勤管理办法》规定员工无正当理由未打卡将扣除当日工资的一定比例，该办法经职工代表大会讨论通过并公示，员工入职时签署知晓文件。若员工无正当理由未打卡，公司按照此规定扣减工资，通常是合法的。

2. 扣款在法律允许范围内

   • 扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。
   • 扣除的部分通常不能超过劳动者当月工资的合理比例，具体根据地区法律法规和公司规定确定，一般不超过20%。

不合法不合理的情况

1. 规章制度不合法或未公示

   • 若公司的考勤制度未经民主程序制定，或内容违反法律法规强制性规定，或未向劳动者公示或告知，那么以未打卡为由扣减工资是缺乏依据的，属于不合理甚至违法的行为。
   • 示例：公司规定漏打卡一次就扣除当月全部工资，这明显不合理且违法，因为这样的规定过于严苛，且可能侵犯员工的合法权益。

2. 存在正当理由未打卡

   • 若员工因合理客观原因未打卡，如打卡设备故障、因公外出等，且已及时向公司报备并提供相关证明，那么公司不应以未打卡为由扣减工资。
   • 示例：员工外出拜访客户期间因打卡设备故障未能打卡，并及时向公司提供了外出工作证明，公司若仍扣减工资，则可能构成违法行为。

3. 劳动合同中无相关规定

   • 若劳动合同中未明确规定打卡与工资之间的关系，或公司未提前告知员工未打卡将扣工资，那么公司单方面以不打卡为由扣减工资可能构成违法行为。

法律建议与措施

• 公司层面：在制定和执行考勤制度时，应确保制度的合法性和合理性，充分考虑员工权益和感受，遵循公平、公正的原则。对于因特殊原因无法按时打卡的员工，应给予合理的解释和补救措施，如允许补卡或提供其他证明出勤的方式。
• 员工层面：应了解自己的权利和义务，在入职时仔细阅读并理解公司规章制度和劳动合同条款。如遇不公正待遇，如公司以未打卡为由非法扣减工资，应及时与公司协商解决；协商不成时，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结来说，公司因未打卡而扣工资是否合法，需根据具体情况判断。公司应确保规章制度的合法性和合理性，并明确告知员工；员工也应了解自己的权利义务，并在必要时采取相应措施维护自身权益。如果您在此方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。