公司制定的罚款制度是否违法，需根据具体情况判断，关键在于是否有法律依据、是否遵循了合法的制定程序以及是否进行了公示告知。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情况
缺乏法律依据：
- 罚款属于行政处罚权的范畴，依据《中华人民共和国行政处罚法》，行政处罚权由具有行政处罚权的行政机关实施。公司并非行政机关，不具备行政处罚的主体资格。因此，若公司直接依据自身规章制度对员工进行罚款，且没有相关法律赋予其罚款权力，该罚款行为通常是不合法的。
规章制度制定程序不合法：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。若公司的罚款制度未经此民主程序制定，则该制度本身不具有合法性，基于此进行的罚款也是不合法的。
规章制度未公示告知：
- 同样依据《劳动合同法》，用人单位应将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示或告知劳动者。若公司仅内部发布罚款制度文件而未通过合适方式让员工知晓，则不能依据该制度对员工进行罚款。
罚款与员工行为不相当或滥用罚款权力：
- 公司以罚款为名，实际上是为了不合理地克扣员工工资，或罚款与员工的违规行为严重不相当，这种滥用权力的罚款同样是违法的。例如，对员工轻微的迟到行为处以高额罚款，就可能被视为滥用罚款权力。
二、可能合法的情况
基于合同约定：
- 若劳动合同中有明确约定，在员工出现特定违约行为时，公司有权要求员工承担一定的赔偿责任，这种赔偿性质的约定在一定程度上可能被视为合法。但需注意，扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。例如，员工违反保密协议给公司造成损失，公司可依据合同约定要求员工赔偿。
合法的赔偿性扣款：
- 员工在工作过程中因自身过错给公司造成实际经济损失时，公司可以要求员工赔偿该损失。例如，员工违反操作规程导致设备损坏，公司可要求员工赔偿设备维修费用等实际损失。但公司需提供充分证据证明损失的存在及与员工行为的因果关系，且赔偿金额应合理，不得过度追责。
三、合规建议与劳动者维权途径
公司合规操作建议：
- 公司应依法制定规章制度，确保制度的合法性和有效性。在制定涉及员工切身利益的规章制度时，应遵循民主程序，并公示告知员工。
- 对于员工的不当行为，公司应通过合法手段进行处理，如警告、记过、降级、撤职等，而非直接罚款。若需经济赔偿，应确保赔偿金额合理，并遵循相关法律法规的规定。
劳动者维权途径：
- 若劳动者认为公司的罚款或其他处罚行为不合法，侵害了自己的权益，可以先与公司进行沟通协商解决。
- 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，劳动者应提供相关证据证明公司的罚款行为不合法。
总结来说，公司罚款制度的合法性需综合考虑多个因素。公司在制定和执行罚款制度时，应严格遵守相关法律法规，确保制度的合法性和有效性。同时，劳动者也应了解自身权益，对于不合法的罚款行为，有权向相关部门投诉或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。