经济补偿金的计算基数是应发工资，而非实发工资。以下是对这一问题的详细解释：

一、法律背景与规定

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。而该法条所指的“工资”，在司法实践中通常被理解为应发工资，即劳动者在提供正常劳动情况下，用人单位应当支付给劳动者的全部劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等货币性收入。

二、应发工资与实发工资的区别

1. 应发工资：是劳动者在提供正常劳动后，按照劳动合同约定或国家规定应当获得的全部劳动报酬，它包括了各种奖金、津贴、补贴等。
2. 实发工资：是劳动者实际到手的工资，它是应发工资扣除个人所得税、社会保险费、住房公积金等个人应承担的费用后的余额。

三、经济补偿金计算基数的确定

在计算经济补偿金时，之所以采用应发工资作为基数，是因为应发工资更能全面反映劳动者在用人单位的实际劳动报酬水平。如果采用实发工资作为基数，可能会因为个人所得税、社会保险费等个人应承担费用的扣除，而导致经济补偿金的计算结果偏低，从而无法充分保障劳动者的合法权益。

四、特殊情况下的处理

当然，也存在一些特殊情况。例如，如果劳动者的应发工资中包含了非经常性奖金或补贴（如一次性奖金、年终奖等），且这些奖金或补贴并非劳动者每月固定获得的收入，那么在计算经济补偿金时，可能会根据具体情况对这些非经常性收入进行适当调整或排除。但这种情况需要具体分析，不能一概而论。

五、法律建议

1. 劳动者：在计算经济补偿金时，应了解自己的应发工资构成，并确保用人单位按照应发工资的标准进行计算。如果用人单位计算的经济补偿金偏低，劳动者有权提出异议并要求重新计算。
2. 用人单位：在计算经济补偿金时，应严格按照法律规定进行，确保计算基数的准确性。如果因计算错误而导致劳动者权益受损，用人单位可能需要承担相应的法律责任。

总结来说，经济补偿金的计算基数是应发工资，而非实发工资。这一规定旨在充分保障劳动者的合法权益，确保经济补偿金的计算结果能够真实反映劳动者在用人单位的实际劳动报酬水平。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。