关于供销社租赁协议50年是否合法的问题，我们可以从法律的角度进行详细分析。

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国民法典》第七百零五条的规定，租赁期限不得超过二十年。这一规定是强制性的，旨在保护合同双方的长期权益稳定性，并避免因过长的租赁期限而产生的不确定性风险。

现在，我们来具体分析供销社与承租人签订的50年租赁协议：

1. 协议中前20年的部分：

   • 这部分是合法有效的。双方需按照协议中的约定履行各自的义务，享受相应的权利。

2. 协议中超出20年的部分：

   • 这部分是不具有法律效力的。也就是说，从第21年到第50年的租赁约定，无法律约束力，相关权利义务不受法律保护。如果双方在这部分期限内发生了争议，法院或仲裁机构将不会支持超出20年部分的租赁约定。

接下来，我们考虑租赁期满后的处理方式：

• 当20年的租赁期限届满后，如果双方有意继续维持租赁关系，可以通过协商一致的方式续订租赁合同。但需要注意的是，续订后的新租赁期限与前次相加，总计不得超过20年。这是为了确保租赁关系的灵活性与法律框架内的稳定性。

最后，我们给出一些建议：

• 双方在签订租赁合同时，应严格遵守法律规定，合理设定租赁期限，避免签订超出法律限制的租赁协议。
• 在租赁期满前，双方应提前沟通并协商续租事宜，以确保租赁关系的连续性和稳定性。
• 如果双方对租赁期限有特殊需求，可以考虑通过其他方式（如多次续租、合作经营等）来实现，但需确保总租赁期限不突破法律规定的上限。

综上所述，供销社与承租人之间签订的50年租赁协议中，仅前20年的租赁期限具有法律效力，超出部分则为非法且无效。建议双方在签订合同时严格遵守法律规定，以确保各自权益的法律保障与合同的顺利执行。