员工迟到扣钱是否合法，需分情况讨论：
有合法规章制度支撑的情况：
- 如果公司有明确的规章制度，且该规章制度经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并已向员工公示或告知，同时规章制度中明确规定了迟到扣钱的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定（如扣款后工资不得低于当地最低工资标准等），那么在这种情况下，公司因员工迟到而扣钱是合法的。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
无合法规章制度支撑或规章制度违法的情况：
- 如果公司没有明确的规章制度，或者规章制度未经民主程序制定、未向员工公示或告知，或者规章制度中的迟到扣钱条款违反了法律法规的强制性规定（如扣款过多导致工资低于最低工资标准等），那么在这种情况下，公司因员工迟到而扣钱是不合法的。
- 法律后果：如果公司违法扣钱，员工有权向劳动监察部门投诉，要求公司补发被扣的工资，并可能面临劳动监察部门的处罚。同时，员工也有权依据《劳动合同法》第三十八条的规定，以公司未及时足额支付劳动报酬为由，解除劳动合同并要求公司支付经济补偿。
建议：
- 对于公司而言，应确保规章制度的合法性和有效性，明确迟到扣钱的条款，并确保该条款不违反法律法规的强制性规定。同时，应将规章制度向员工公示或告知，确保员工知晓并遵守。
- 对于员工而言，如果公司因迟到而扣钱，应首先查看公司的规章制度，了解扣钱的具体条款和依据。如果认为公司的扣钱行为不合法，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
额外提醒：
- 迟到扣钱虽然在一定程度上可以激励员工按时出勤，但公司也应注重人性化管理，避免过度扣款导致员工不满和离职。
- 在实际操作中，公司可以考虑采用其他方式来管理员工的出勤情况，如设立全勤奖、提供弹性工作时间等，以更好地平衡公司和员工的利益。
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