当公司停止运营不再继续经营时，员工补偿问题主要依据《劳动合同法》等相关法律规定来处理，核心结论如下：

1. 经济补偿金：

   • 适用情形：如果公司因经营不善等原因决定解散、破产或终止经营，从而与员工解除劳动合同，那么公司需要向员工支付经济补偿金。
   • 计算方式：经济补偿金按照员工在本公司工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
   • 特殊情况：如果员工的月工资高于公司所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

2. 代通知金：

   • 适用情形：在某些情况下，如果公司没有提前三十日以书面形式通知员工解除劳动合同，那么除了支付经济补偿金外，还需要额外支付一个月工资作为代通知金。但这一规定主要适用于公司因员工不能胜任工作、医疗期满后不能从事原工作等特定原因解除劳动合同的情形。在公司停止运营的情况下，通常不直接适用代通知金的规定，但具体还需根据地方性法规和实际情况判断。

3. 其他补偿或福利：

   • 未休年假补偿：如果员工在公司停止运营前有未休的年假，公司应当按照员工日工资收入的300%支付未休年假工资报酬，其中包含公司支付员工正常工作期间的工资收入。
   • 社会保险和公积金：公司应当为员工办理社会保险和公积金的减员手续，并确保在停止运营前已经为员工缴纳了所有应缴的社会保险和公积金费用。如果公司欠缴，员工有权要求公司补缴。
   • 工资结算：公司应当与员工结算所有未支付的工资、奖金、津贴等劳动报酬。

4. 特殊情况下的处理：

   • 公司破产：如果公司因破产而停止运营，员工的经济补偿金和其他债权将按照破产法的规定进行清偿。在破产程序中，员工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，以及应当划入员工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用等属于优先清偿的债权。
   • 公司违法解除：如果公司停止运营是出于非法目的或违反了相关法律法规的规定，从而违法解除了与员工的劳动合同，员工除了可以要求公司支付经济补偿金外，还可以要求公司支付赔偿金，赔偿金的标准是经济补偿金的两倍。

建议：

• 保留证据：员工应当保留好与公司的劳动合同、工资条、工作证等证据，以便在需要时证明自己的劳动关系和工资水平。
• 及时沟通：与公司保持沟通，了解公司停止运营的具体原因和后续处理计划，以便及时维护自己的合法权益。
• 寻求帮助：如果与公司就补偿问题无法达成一致，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

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