已使用的科研经费若需追回，需根据经费违规使用的性质、主体及具体情节，通过行政追责、民事追偿或刑事追诉等途径实现。 以下是具体分析：

1. 行政追责：针对违规但未构成犯罪的情形
   若科研经费使用存在违规（如超范围支出、虚假报销、未按预算执行等），但未达到刑事犯罪标准，通常由经费管理单位（如高校、科研院所、科技部门或财政部门）启动行政追责程序。

   • 追回方式：管理单位可依据内部财务制度或《财政违法行为处罚处分条例》等规定，要求责任人退还违规使用的经费，并可能处以警告、罚款、取消项目资格等行政处罚。
     
   • 关键证据：需提供经费使用记录、报销凭证、项目合同、审计报告等材料，证明资金被违规使用。
     
   • 注意事项：若责任人拒不退还，管理单位可申请法院强制执行，但需确保行政决定已生效且程序合法。

2. 民事追偿：针对合同违约或侵权情形
   若科研经费的使用涉及合同关系（如与合作单位、企业签订的委托研发合同），且一方未按约定使用资金导致对方损失，可通过民事诉讼追偿。

   • 追回方式：依据《民法典》合同编，起诉违约方要求返还资金、赔偿损失，或主张侵权责任（如因故意或重大过失导致资金损失）。
     
   • 关键证据：合同文本、资金往来记录、违约或侵权行为证明（如审计报告、专家鉴定意见）。
     
   • 注意事项：民事诉讼需明确被告主体（个人或单位）、诉讼请求及赔偿范围，且需在诉讼时效内（通常3年）提起。

3. 刑事追诉：针对涉嫌犯罪的情形
   若科研经费被挪用、贪污或骗取，且数额较大或情节严重，可能构成刑事犯罪（如贪污罪、挪用公款罪、诈骗罪等），需通过刑事程序追回。

   • 追回方式：由公安机关立案侦查，检察院提起公诉，法院判决后追缴赃款赃物返还受害单位或国家。
     
   • 关键证据：犯罪嫌疑人供述、证人证言、资金流向记录、审计报告、鉴定意见等。
     
   • 注意事项：刑事追诉需严格遵循刑事诉讼法程序，且需证明犯罪主观故意（如明知违规仍使用资金）和客观行为（如伪造凭证、套取资金）。

行动建议：

• 第一步：梳理经费使用记录，明确违规性质（行政、民事或刑事）。
  
• 第二步：根据性质选择追回途径：行政追责由管理单位主导；民事追偿需起诉至法院；刑事追诉需向公安机关报案。
  
• 第三步：收集并固定证据（如合同、报销凭证、审计报告），必要时委托专业机构审计。
  
• 第四步：若涉及复杂法律问题（如刑事犯罪认定、民事赔偿范围），可直接向我咨询，我将结合具体案情提供法律意见。
  

科研经费追回需兼顾程序合法性与证据充分性，建议根据实际情况选择最优路径，避免因程序瑕疵影响追回效果。