结论：员工因代打卡行为被公司辞退后能否申请赔偿金，主要取决于公司的规章制度、劳动合同的具体条款、相关法律法规的规定以及代打卡事实的证据情况。以下从多个角度进行详细分析：
一、公司规章制度与劳动合同
规章制度合法性及内容：
- 若公司的规章制度明确将代打卡行为规定为严重违纪行为，并且该规章制度的制定程序合法（如经过民主程序制定、向员工公示等），且员工已签字确认知晓，则公司依据此规章制度辞退代打卡员工可能是合法的，此时员工通常无法获得赔偿金。
- 若公司没有相关明确的规章制度，或规章制度制定程序不合法，未向员工公示告知，那么公司以代打卡为由辞退员工可能构成违法解除劳动合同，员工有权主张赔偿金。
劳动合同条款：
- 劳动合同中可能包含关于解除劳动合同的条件和补偿条款。如果明确规定了代打卡行为会导致劳动合同解除且无需补偿，公司做法可能符合合同约定，员工可能无法获得赔偿金。但若劳动合同中未明确规定或规定不明确，且公司规章制度也不合法或未公示，员工则有权主张赔偿金。
二、法律法规依据
- 《劳动合同法》第三十九条：劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。代打卡行为通常被视为严重违反规章制度的行为，若公司规章制度合法且员工确实存在代打卡行为，公司有权辞退员工且无需支付赔偿金。
- 《劳动合同法》第四十六条：规定了用人单位应当向劳动者支付经济补偿的情形，但不包括劳动者严重违反用人单位规章制度导致劳动合同解除的情况。因此，在合法辞退的情况下，员工通常无法获得经济补偿或赔偿金。
三、代打卡事实认定
证据确凿：
- 公司需要有充分证据证明员工存在代打卡行为，如监控录像、打卡记录、证人证言等多种证据相互印证。若证据确凿，对公司辞退的合理性有支持作用，员工主张赔偿金难以得到支持。
证据不足：
- 若公司证据不足，仅凭借猜测或不充分的记录认定代打卡，员工可以反驳，并主张公司违法解除劳动合同，要求支付赔偿金。赔偿金标准通常是按照员工在公司的工作年限计算，每满一年支付两个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付一个月工资。
特殊情况：
- 如果员工能证明代打卡是因突发疾病、不可抗力等特殊情况，且公司未予合理理解和处理，公司的辞退行为可能不合法，员工有权主张赔偿金。
四、建议与行动指南
- 查阅文件：员工应仔细查阅公司的规章制度和劳动合同，了解自己的权益和义务。
- 收集证据：若认为公司辞退行为存在违法或不当之处，应收集相关证据，如规章制度瑕疵、劳动合同条款、代打卡特殊情况等。
- 法律途径：可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设某公司员工手册中明确规定“代他人打卡或请他人打卡视为严重违纪，公司可立即解除劳动合同”，且该员工手册经过了民主程序制定，并已向员工公示或告知。若员工张三因多次代打卡被公司辞退，且公司提供了充分的证据证明张三存在代打卡行为，则公司无需支付赔偿金。但若公司未能提供充分证据，或者辞退程序存在瑕疵（如未提前通知员工、未给予员工解释的机会等），则张三有权要求公司支付赔偿金。
综上所述，员工因代打卡被辞退是否能获得赔偿金，需综合考虑多个因素。在采取任何行动之前，建议员工充分了解自身权益，并依据上述分析采取相应的措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。