关于补充协议和原合同的效力问题，结论前置如下：
- 在合法且双方自愿、平等签订的前提下，补充协议的效力优先于原合同中相冲突的部分。
- 补充协议的效力是否及于整个合同，需根据补充协议的具体内容、与原合同的关系以及法律法规进行综合判断。
详细分析如下：
一、补充协议与原合同的基本关系及效力原则
补充协议是对原合同内容的补充、修改或变更，它并非替代或废除原合同，而是对原合同的一种完善和补充。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，只要补充协议的内容是双方真实意思的表示，不违反法律法规的强制性规定，且与原合同内容不冲突，那么它就是有效的，并与原合同共同构成双方完整的权利义务关系。
二、补充协议与原合同效力关系的具体情况
原合同有效，补充协议也有效：
- 在双方自愿、平等且符合法律规定的前提下签订的补充协议，与原合同具有同等的法律效力。例如，若原合同对某事项约定不明确，补充协议可以对此进行明确，两者共同约束双方当事人。
补充协议对原合同的变更：
- 当事人可以通过补充协议协商一致地变更原合同的部分条款。变更后的条款以补充协议为准，原合同中相应条款的效力被补充协议所取代。例如，原合同中约定的交货时间，后通过补充协议进行了变更，那么应以补充协议中约定的新时间为准。
补充协议无效，原合同依然有效：
- 若补充协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，或存在欺诈、胁迫等导致合同无效的情形，则补充协议无效。但原合同的效力不受影响，双方仍应按原合同履行义务。
原合同无效，补充协议的效力需具体分析：
- 若原合同因违反法律强制性规定或其他法定事由而无效，补充协议作为从属协议，其效力一般也会受影响而无效。但若补充协议内容具有相对独立性，且不涉及原合同无效的相关问题，则可能被视为有效。
三、补充协议效力及于整个合同的判断
一般原则：
- 在未明确限定适用范围的情况下，补充协议的条款通常会被视为对整个合同的补充和修改。例如，房屋租赁合同中原约定租金，后通过补充协议调整，则该调整条款效力及于整个租赁合同。
特殊情况：
- 明确约定仅适用于特定部分：如果补充协议中明确约定其条款仅适用于原合同的某一部分或特定事项，则其效力不会及于整个合同。
- 违反法律法规或公序良俗：补充协议内容若违反法律法规的强制性规定或违背公序良俗，将被认定为无效，不会对原合同产生有效的补充或变更作用。
- 与原合同主要目的冲突：当补充协议的内容与原合同的主要目的发生严重冲突，导致原合同目的无法实现时，可能会影响其对整个合同的效力。
四、冲突条款的效力问题
当补充协议与原合同条款存在冲突时，一般以补充协议为准，因为它体现了双方最新的意思表示。然而，如果补充协议的冲突条款明显违背了原合同的主要目的或法律的强制性规定，则该条款可能会被认定为无效，此时仍以原合同相关条款为准。
建议：
在处理补充协议和原合同的效力问题时，建议当事人仔细审查两者的内容，判断它们的效力和适用情况。为确保合同的合法性和有效性，在签订补充协议前，务必确保其内容符合法律法规要求，并避免与原合同产生冲突。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律意见。