您好，关于您提出的“超速两次扣12分怎么分开处理”的问题，我必须明确告知您，超速一次性记12分是不能分两次扣的，必须按照交通法规规定的流程一次性处理。
在交通违章记分管理中，对于超速等一次违法行为记12分的情况，交通法规有着严格且明确的规定。这种记分方式是为了确保对每一次违反交通法规的行为都能得到相应的、公正的处罚，维护道路交通的秩序和安全。因此，无论您是超速一次被记12分，还是多次超速但累计记分达到12分，都需要按照一次违法行为来处理，记分不可人为拆分。
当您的驾驶证在一个记分周期内累积记分达到12分时，公安机关交通管理部门会依法扣留您的机动车驾驶证，并要求您遵循以下流程进行处理：
参加学习：您需要在收到通知后的十五日内，到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。这是为了帮助您增强交通安全意识，提高遵守交通规则的能力。
参加考试：学习结束后，您需要在二十日内进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。考试内容涵盖交通法规、交通信号、行车安全等方面，旨在检验您对交通安全知识的掌握程度。
处理结果：如果您考试合格，记分将予以清除，并发还您的机动车驾驶证；如果您考试不合格，则需要继续参加学习和考试，直至考试合格为止。如果您拒不参加学习或不接受考试，公安机关交通管理部门将公告您的机动车驾驶证停止使用，这意味着您将暂时失去驾驶机动车的资格。
此外，我还想特别提醒您，超速行驶不仅危险，而且一旦违规被查，将面临严重的法律后果。因此，作为驾驶人，您应该严格遵守交通规则，确保行车安全，避免超速等违法行为的发生。这样不仅可以保护您自己的生命安全，也可以维护道路交通的秩序和安全。希望这些解答能对您有所帮助。