针对您在高速公路上因超速被扣两次6分的情况，我将为您详细阐述处理流程及相关注意事项，以确保您的权益得到妥善处理。
一、确认违章信息
首先，您需要通过官方渠道查询并核实两次超速违章的具体情况。您可以使用交通管理部门的官方网站、手机APP（如交管12123）或微信公众号等，输入车辆相关信息进行查询。在查询时，请务必核对违章时间、地点、具体超速比例等信息是否准确无误。如果平台提供了违章照片或视频记录，建议您仔细查看，以便了解实际情况并判断是否存在误判。
二、接受处罚
确认违章无误后，您需要准备相关证件并前往指定地点接受处罚。所需证件包括本人身份证、驾驶证以及车辆行驶证。处理地点可以选择当地交警大队违章处理窗口、车管所，或者符合条件的线上平台（如交管12123 APP）进行处理。但请注意，线上处理可能受限于地区及违章性质，因此建议您提前了解相关规定。
三、缴纳罚款
根据《道路交通安全法》及相关法律法规，超速20%以上未达到50%的，一般会被处以200元的罚款（具体金额可能因地区和具体情况而异）。在缴纳罚款时，您可以选择线下银行网点缴纳或线上平台（如交管12123 APP、微信、支付宝等）缴纳。但请务必在规定期限内（通常为15天）缴纳罚款，逾期未缴将产生滞纳金。
四、驾驶证后续管理
处理完超速违章并缴纳罚款后，您还需要关注驾驶证的记分情况。一个记分周期为12个月，从初次领证日期起算。由于您已被扣两次6分，累计记分已达到12分，因此您需要特别注意以下几点：
记分周期结束：若在一个记分周期内累计记分达到12分，且您已缴纳罚款，那么在该记分周期结束时，您的记分将被清零，但您需要参加相关学习和考试。
参加学习和考试：公安机关交通管理部门将扣留您的机动车驾驶证。您需在15日内到机动车驾驶证核发地或违法行为地公安机关交通管理部门参加为期7日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习，并通过考试。考试合格后，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，需继续参加学习和考试。
五、法律解析与提醒
根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶机动车在高速公路上行驶超过规定时速20%以上未达到50%的，记6分。同时，《道路交通安全法》也规定了相应的罚款措施。超速行驶不仅会增加交通事故的风险，还会对您的驾驶记录产生不良影响。因此，我强烈建议您严格遵守交通规则，确保行车安全。
综上所述，针对您被扣两次6分的情况，您需要按照确认违章信息、接受处罚、缴纳罚款以及关注驾驶证后续管理的流程进行处理。同时，也请您时刻牢记安全第一，遵守交通规则，共同营造一个安全、有序的交通环境。