针对非法占地上建筑物的处理问题，核心在于明确建筑物的性质、占地行为的违法性以及相关法律后果。以下是具体处理方式的分析：

1. 行政处理：责令限期拆除或没收
   根据《土地管理法》第七十七条、第七十八条，非法占用土地（尤其是耕地、永久基本农田）建设的建筑物，县级以上自然资源主管部门有权责令限期拆除，恢复土地原状；若符合土地利用总体规划，则可能没收建筑物并处罚款。

   • 关键点：行政机关需先作出《行政处罚决定书》，当事人若不服可申请行政复议或提起行政诉讼。
     
   • 例外：若建筑物已取得规划许可但占地违法（如超面积建设），可能仅处罚占地行为而不拆除建筑。

2. 刑事责任：非法占用农用地罪
   若非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大（如占用基本农田5亩以上）且造成耕地等农用地大量毁坏的，可能触犯《刑法》第三百四十二条，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

   • 关键点：需同时满足“数量较大”和“造成严重毁坏”两个条件，司法实践中以专业鉴定机构出具的毁坏程度报告为依据。

3. 民事赔偿：恢复原状或赔偿损失
   若非法占地行为损害他人合法权益（如占用集体土地导致村民失去承包经营权），权利人可依据《民法典》第二百三十八条要求侵权人停止侵害、恢复原状或赔偿损失。

   • 关键点：需证明占地行为与损害结果之间的因果关系，赔偿范围包括直接损失（如土地收益）和间接损失（如复垦费用）。

4. 特殊情形：历史遗留问题处理
   对1987年《土地管理法》实施前建设的建筑物，若符合当时政策且未扩大占地范围，可能按“历史遗留问题”处理，通过补办手续合法化；对1987年后建设但未及时处理的，需结合地方政策逐步解决。

   • 关键点：需核查建筑物建设时间、占地性质及地方政策，避免“一刀切”拆除。

建议行动：

• 若您是建筑物所有者，首先核实占地是否取得合法审批（如集体土地使用证、建设用地规划许可证），若未取得，尽快与自然资源部门沟通补办手续或接受处罚；
  
• 若您是利害关系人（如被占地村民），可先向乡镇政府或自然资源部门举报，要求查处违法行为，若行政机关不作为，可提起行政诉讼；
  
• 若涉及刑事犯罪风险（如占用大量基本农田），建议立即停止建设行为，委托律师评估法律风险并制定应对方案。
  

如有具体案件细节（如占地时间、面积、土地性质等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析处理路径。