运费纠纷在立案时，通常立的案由是“货物运输合同纠纷”中的运费争议部分。以下是对这一问题的详细分析：

一、运费纠纷的法律性质

运费纠纷本质上属于货物运输合同纠纷的一种。在货物运输合同中，承运人负责将货物从起运地点运输到约定地点，而托运人或收货人则需支付相应的运输费用。当双方对运费的计算方式、支付时间或金额产生争议时，就形成了运费纠纷。

二、运费纠纷的具体类型

运费纠纷可能涉及多个方面，包括但不限于：

1. 运费计算方式的争议：双方可能对运费的计算标准、计费方式（如按重量、体积、距离等）存在分歧。
2. 运费支付时间的争议：托运人可能未按约定时间支付运费，或者承运人要求提前支付运费而托运人不同意。
3. 运费金额的争议：双方可能对运费的具体金额存在争议，如因货物损坏、丢失或延误等原因导致的运费减免或增加问题。

三、运费纠纷的立案案由

在司法实践中，运费纠纷通常作为货物运输合同纠纷的一部分进行立案。法院会根据双方签订的货物运输合同、相关证据（如运输单据、付款记录等）以及法律法规（如《中华人民共和国民法典》中关于运输合同的规定）来审理此类纠纷。

四、运费纠纷的解决方式

1. 协商：双方可以首先尝试通过协商解决运费纠纷，达成一致意见后签订书面协议。
2. 调解：如果协商无果，双方可以寻求第三方调解机构的帮助，通过调解达成和解协议。
3. 仲裁：如果双方在合同中约定了仲裁条款，或者事后达成了仲裁协议，可以向约定的仲裁机构申请仲裁。
4. 诉讼：如果协商、调解和仲裁均无法解决纠纷，任何一方都可以向人民法院提起诉讼，由法院依法作出判决。

五、法律建议

1. 完善合同条款：在签订货物运输合同时，双方应明确运费的计算方式、支付时间、金额以及争议解决方式等条款，以减少纠纷的发生。
2. 保留相关证据：在运输过程中，双方应妥善保管相关证据（如运输单据、付款记录等），以便在发生纠纷时能够提供有力的证明。
3. 及时寻求法律帮助：如果发生运费纠纷，双方应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并寻求合适的解决方式。

作为徐新龙律师，我专注于刑事辩护和合同纠纷领域，如果你在运费纠纷或其他合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。