黑社会性质案件的管辖通常由公安机关负责，具体由其内部的刑事侦查部门进行侦查，检察院负责审查起诉，法院负责审判。以下是对这一问题的详细分析：
一、公安机关的管辖
侦查职责：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关规定，公安机关是刑事案件的主要侦查机关。对于黑社会性质组织犯罪，公安机关的刑事侦查部门会负责立案侦查，收集证据，查明犯罪事实，并采取必要的强制措施，如拘留、逮捕等。
跨区域管辖：如果黑社会性质组织犯罪涉及多个地区，或者犯罪行为地、结果地不在同一地区，那么根据案件的具体情况，可能会由上级公安机关指定管辖，或者由共同的上级公安机关协调管辖。
二、检察院的管辖
审查起诉：在公安机关侦查终结后，会将案件移送至检察院进行审查起诉。检察院会对公安机关移送的证据进行审查，判断是否构成犯罪，以及犯罪的性质和情节等。
法律监督：检察院在审查起诉过程中，还会对公安机关的侦查活动进行法律监督，确保侦查活动的合法性和有效性。
三、法院的管辖
审判职责：如果检察院认为案件构成犯罪，并决定提起公诉，那么案件将移送至法院进行审判。法院会根据事实和法律，对被告人进行定罪量刑。
级别管辖：根据案件的严重程度和影响范围，法院的级别管辖也会有所不同。一般来说，黑社会性质组织犯罪案件可能由中级人民法院或者高级人民法院进行一审。
四、特殊情况下的管辖
指定管辖：在特殊情况下，如案件涉及多个地区、犯罪嫌疑人众多、案情复杂等，上级公安机关、检察院或者法院可能会指定某个下级机关或者同级机关进行管辖，以确保案件的顺利办理。
专门管辖：对于某些特定类型的黑社会性质组织犯罪，如涉及毒品、走私、恐怖活动等，可能会由专门的公安机关或者检察院进行管辖。
建议：
黑社会性质组织犯罪是严重的刑事犯罪，对社会秩序和公共安全构成严重威胁。因此，公安机关、检察院和法院会依法严厉打击此类犯罪，维护社会的和谐稳定。