主合同无效时，补充协议的效力需根据具体情况综合判断，可能有效也可能无效。以下是对此问题的详细分析：
一、补充协议可能有效的情形
补充协议具有独立性
- 说明：若补充协议的内容不依赖于原合同的存在而独立成立，且不存在导致合同无效的法定情形（如违反法律强制性规定、损害第三人利益等），则补充协议可能是有效的。例如，双方在合作过程中产生的技术成果归属和保密义务的约定，这些约定可能因基于实际产生的事实而独立有效，即使原合作合同无效，也不影响这些约定的效力。
原合同部分无效但补充协议针对有效部分
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一百五十六条，民事法律行为部分无效不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。因此，如果原合同只是部分条款无效，而补充协议针对的是原合同中有效的部分进行补充或变更，且补充协议本身符合法律规定，那么补充协议是有效的。
特殊情况下的有效性
- 说明：在某些特殊情况下，即使主合同无效，如果补充协议的内容符合法律规定且不违反公序良俗等原则，也可能被认定为有效。例如，无效合同终止后，双方重新达成的关于合同善后的处理协议，只要内容合法且双方真实意思表示，即可视为有效。
主合同已实际履行
- 说明：如果主合同已经实际履行，尽管可能存在法律上的瑕疵，但在实践中，为了维护交易秩序和当事人权益，有时也会认定补充协议有效，前提是补充协议的内容不违反法律强制性规定。
二、补充协议无效的情形
主合同无效且补充协议无法独立履行
- 说明：如果主合同无效，且补充协议的内容完全依赖于原合同的存在，无法独立履行，那么补充协议通常也是无效的。这是因为补充协议作为原合同的附属文件，其有效性往往受到原合同有效性的影响。
补充协议本身存在问题
- 说明：如果补充协议没有签字确认、不是双方真实意思表示、违反法律规定（如违反法律强制性规定、损害社会公共利益等）或损害第三人利益，那么补充协议也是无效的。这是基于合同法的基本原则，即合同必须合法、自愿、公平、诚实信用。
三、实际操作中的建议
审查主合同与补充协议的关系：在签订补充协议前，应仔细审查主合同的效力状态，确保补充协议的内容不依赖于主合同中可能无效的部分。
确保补充协议的独立性：如果可能，尽量使补充协议的内容独立于主合同，以减少因主合同无效而影响补充协议效力的风险。
遵守法律法规和公序良俗：在签订补充协议时，应确保协议内容符合法律法规和公序良俗的要求，避免因违反法律规定而导致协议无效。
明确约定争议解决方式：在补充协议中明确约定争议解决方式，如仲裁或诉讼等，以便在发生争议时能够迅速有效地解决。
总结来说，主合同无效时补充协议的效力是一个复杂的问题，需要根据具体情况进行综合判断。如果你在实际操作中遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律意见和指导。