仓库被水淹后的赔偿问题需根据具体情形确定责任主体及赔偿方式，核心结论如下：

1. 若因自然灾害（如暴雨、洪水）导致仓库被淹

   • 保险理赔：若仓库投保了财产综合险或一切险（包含洪水责任），可直接向保险公司申请理赔。需注意：
     
     • 保险条款中是否明确将“洪水”列为保障范围（部分保险可能将“暴雨”与“洪水”区分）；
       
     • 及时报案（通常需在48小时内），并保留现场照片、视频、损失清单等证据；
       
     • 保险公司定损后，按合同约定赔偿实际损失（需扣除免赔额及折旧）。
       
   • 无保险情形：若未投保，则需自行承担损失。但若仓库位于政府划定的泄洪区或存在历史内涝风险，可尝试向当地政府申请灾害救助（非法定赔偿，仅作为补充）。

2. 若因第三方原因导致仓库被淹（如相邻工地施工导致排水堵塞、上游水库泄洪未通知）

   • 侵权责任索赔：可向直接侵权方（如施工单位、水库管理方）主张赔偿，需证明：
     
     • 侵权行为（如施工堵塞排水管道、未履行泄洪通知义务）；
       
     • 损害结果（仓库被淹的直接损失，如货物损毁、设备损坏）；
       
     • 因果关系（侵权行为与损害结果之间存在直接关联）。
       
   • 证据收集：包括现场照片、视频、施工合同、水库泄洪公告、损失评估报告等；若涉及专业问题（如排水系统设计是否合规），可能需委托第三方机构鉴定。
     
   • 诉讼时效：自知道或应当知道权利受损之日起3年内提起诉讼，逾期可能丧失胜诉权。

3. 若因仓库自身管理问题导致损失扩大（如未及时清理排水管道、未采取防汛措施）

   • 责任分担：保险公司或侵权方可能以“被保险人未尽到减损义务”为由主张减免赔偿金额。例如：
     
     • 保险合同中约定“被保险人需在灾害发生时采取合理措施防止损失扩大，否则对扩大部分不赔”；
       
     • 侵权方主张“若仓库及时清理排水管道，损失本可避免或减少”。
       
   • 应对建议：立即采取补救措施（如抽水、转移货物），并保留相关记录（如维修合同、费用发票），以证明已尽到减损义务。

行动建议：

• 优先联系保险公司报案，并同步收集证据；
  
• 若涉及第三方侵权，尽快委托律师发送律师函或直接起诉；
  
• 定期检查仓库防汛设施（如排水管道、沙袋、抽水泵），降低未来风险。
  

如有进一步细节（如保险条款内容、侵权方身份、损失金额等），可提供具体信息以便针对性分析。