结论：欠的运输费超过三年仍然可以起诉，但诉讼结果会受到诉讼时效制度的影响。具体来说，若存在诉讼时效中断、中止的情形，或者对方未提出抗辩，则您可能赢得诉讼；反之，若无此类情形且对方提出抗辩，则可能面临败诉风险。不过，您的实体权利并未消灭，如果对方自愿履行，您仍有权接受。
关于诉讼时效的详细分析
诉讼时效期间的一般规定
- 根据我国《民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这一期限自权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在运输费纠纷中，一般从约定的付款期限届满之日起开始计算；若未约定付款期限，则从您要求对方履行义务的宽限期届满之日起计算；若对方在您第一次向其主张权利时明确表示不履行义务，则诉讼时效期间从该明确表示之日起计算。
超过三年起诉的不同情况
对方未提出诉讼时效抗辩：
- 在此情况下，法院不会主动审查诉讼时效问题，而是依据案件事实和证据进行审理。只要您能充分证明欠款事实，就有可能获得法院支持。
对方提出诉讼时效抗辩：
- 存在诉讼时效中断情形：若您在诉讼时效期间的最后六个月内因特定原因（如催讨运输费、发送催款函等）导致诉讼时效中断，从中断时起重新计算诉讼时效。只要最后一次中断距起诉时间未超三年，您的诉求就不会因时效届满而受阻。
- 存在诉讼时效中止情形：在诉讼时效期间的最后六个月内，若因不可抗力或其他障碍导致不能行使请求权，诉讼时效将中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
- 不存在诉讼时效中断、中止情形：若确实无中断、中止事由，且对方提出抗辩，法院经审查确认后可能会驳回您的诉讼请求。但请注意，这并不意味着您的权利完全丧失，如果对方自愿履行，您仍有权接受。
实际操作建议
- 收集证据：面对拖欠运输费超过三年的情况，您应尽可能收集并保存与欠款相关的所有证据，包括运输合同、发票、催款记录等，以备不时之需。
- 评估情况：在起诉前，您可以先评估一下是否存在诉讼时效中断、中止的情形，以及对方是否可能提出抗辩。这有助于您更准确地判断诉讼结果，并制定相应的诉讼策略。
- 提起诉讼：如果您决定提起诉讼，应尽快向法院提交起诉状和相关证据。在诉讼过程中，您应积极配合法院的审理工作，并按时出庭参加诉讼活动。
综上所述，虽然欠的运输费超过三年仍可进行起诉，但诉讼结果会受到诉讼时效制度的严格限制。因此，您应充分了解相关法律法规，并根据实际情况采取合适的行动以维护自身权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。