针对您提出的“员工男女关系不正常，企业如何处理”这一问题，我会从法律框架、企业规章制度、以及实际操作建议三个层面进行详细解答。
一、法律框架
首先，我们需要明确的是，员工之间的私人关系，包括男女关系，原则上属于个人隐私范畴，企业不应过度干涉。但是，如果这种关系违反了社会公序良俗，或者对企业的工作环境、团队氛围、工作效率产生了负面影响，企业则有权采取相应措施。
《中华人民共和国劳动法》与《中华人民共和国劳动合同法》：
- 这两部法律主要规范了用人单位与劳动者之间的劳动关系，对于员工之间的私人关系并未直接规定。但是，如果员工的行为严重违反了企业的规章制度，或者构成了对企业的重大损害，企业可以依据《劳动合同法》第三十九条的规定，解除劳动合同。
《中华人民共和国民法典》：
- 第一千零一十条规定，违背他人意愿，以言语、文字、图像、肢体行为等方式对他人实施性骚扰的，受害人有权依法请求行为人承担民事责任。这为企业处理性骚扰等不当行为提供了法律依据。
《中华人民共和国妇女权益保障法》：
- 该法明确规定了用人单位应当采取措施预防和制止对妇女的性骚扰，包括制定禁止性骚扰的规章制度、畅通投诉渠道等。虽然直接针对的是性骚扰，但其中的原则和精神同样适用于处理员工之间的不当关系。
二、企业规章制度
企业应当制定明确的规章制度，对员工的行为进行规范。这些规章制度可以包括：
禁止不当关系：
- 明确禁止员工之间发生不正当的男女关系，特别是当这种关系影响到工作环境、团队氛围或工作效率时。
投诉与申诉机制：
- 建立畅通的投诉与申诉渠道，让员工能够及时反映问题，企业能够及时调查处理。
处罚措施：
- 规定对于违反规章制度的员工，企业可以采取的处罚措施，包括警告、记过、降职、解雇等。
三、实际操作建议
调查核实：
- 在接到关于员工不当关系的投诉后，企业应当进行调查核实，确保事实清楚、证据确凿。
保护隐私：
- 在调查和处理过程中，企业应当注意保护员工的隐私和个人信息，避免泄露给无关人员。
公正处理：
- 根据调查结果，企业应当公正、公平地处理问题，不偏袒任何一方。如果确实存在不当关系，且对企业造成了负面影响，企业可以依据规章制度采取相应的处罚措施。
加强教育：
- 企业可以通过培训、宣传等方式，加强员工对职业道德、社会公德的认识，预防类似问题的再次发生。
法律咨询：
- 在处理复杂或敏感的问题时，企业可以寻求专业法律咨询，确保处理过程合法合规。
案例参考：
以您提供的案例为例，法院最终判决认为，员工与公司另一员工发生不正当关系，违反社会公序良俗，公司据此解除劳动合同并无不当。这说明了在处理员工不当关系时，企业需要依据事实、依据法律、依据规章制度进行公正处理。
综上所述，企业在处理员工男女关系不正常的问题时，应当遵循法律框架、制定明确的规章制度、并采取公正、公平、合法的实际操作措施。