违法占地查处申请书的回复期限，需根据具体行政程序及地方性规定综合判断，通常为以下两种情形：

1. 行政机关受理后的初步答复期限
   根据《中华人民共和国土地管理法》及《国土资源行政处罚办法》相关规定，国土资源主管部门（现自然资源主管部门）对违法占地行为的查处申请，应在7个工作日内决定是否立案（部分地方性法规可能缩短至3个工作日）。若决定立案，需在立案后60日内作出行政处罚决定；情况复杂的，经负责人批准可延长30日。
   法律依据：《国土资源行政处罚办法》第十二条、第三十二条。

2. 对查处结果的复议或诉讼期限
   若申请人对行政机关的查处结果不服（如未立案、未处罚或处罚过轻），可依法申请行政复议或提起行政诉讼：

   • 行政复议期限：自知道该具体行政行为之日起60日内提出（《行政复议法》第九条）；
     
   • 行政诉讼期限：自知道或应当知道行政行为之日起6个月内提起（《行政诉讼法》第四十六条）。
     注意：若行政机关未履行法定职责（如未回复查处申请），复议或诉讼期限可从申请人知道或应当知道行政机关不作为之日起计算。

实务建议：

• 申请人提交查处申请时，建议通过书面形式并留存邮寄凭证，以固定“申请时间”这一关键节点；
  
• 若行政机关超期未回复，可先通过政府信息公开申请要求其说明进展，再根据结果决定是否启动复议或诉讼程序；
  
• 地方性法规可能对期限有细化规定（如某些省份将立案期限缩短至5个工作日），需结合属地规则综合判断。
  

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