大巴车携带香烟被查获的处罚需分情况讨论，主要取决于是否涉及非法运输烟草专卖品及具体情节，具体如下：

1. 合法携带情形
   若乘客个人携带的香烟数量在合理自用范围内（通常为2条以内），且能证明来源合法（如正规渠道购买），一般仅需配合检查，不会受到行政处罚。但需注意：部分地区可能对跨省携带量有特殊规定（如50条以内需申报），建议提前了解目的地政策。

2. 超量携带或非法运输情形

   • 行政处罚：若携带量超过个人自用合理范围（如超过50条），或无法提供合法来源证明，可能被认定为“无烟草专卖品准运证运输烟草专卖品”，依据《烟草专卖法实施条例》第52条，由烟草专卖行政主管部门处以违法运输的烟草专卖品价值20%以上50%以下的罚款，并可按照国家规定的价格收购违法运输的烟草专卖品。
     
   • 刑事处罚：若运输香烟价值超过5万元，或存在伪造、变造准运证等情节，可能构成《刑法》第225条规定的“非法经营罪”，面临五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的（如价值超25万元），处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或没收财产。

3. 特殊情形

   • 无证经营：若大巴车司机或运营方以营利为目的，长期为他人运输香烟且未取得烟草专卖零售许可证，可能被认定为“无证经营烟草制品零售业务”，依据《烟草专卖法》第32条，由工商行政管理部门责令停止经营，没收违法所得，并处以违法经营总额20%以上50%以下的罚款。
     
   • 逃避检查：若采取隐藏、伪装等方式逃避检查，可能被从重处罚，甚至涉嫌“妨害公务罪”（如暴力抗法）。

建议：若您或他人涉及此类情况，需立即配合调查，主动说明香烟来源及用途，并保留购买凭证等证据。如对处罚有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。