关于业主大会公章的保管问题，这是一个涉及小区自治和法律法规的重要事项。

首先，根据《业主大会和业主委员会指导规则》第41条的规定，业主委员会应当建立印章管理规定，并指定专人保管印章。这意味着，业主大会的公章，在业主委员会成立后，应当由业主委员会来负责管理，并指定符合条件的专人进行保管。这一规定体现了业主自治的原则，即业主大会和业主委员会是小区业主自我管理、自我服务的组织，其公章的管理和使用应当由业主自己来决定。

其次，从实际操作的角度来看，业主大会的公章是集体意志的象征，是公共事务合法性的“信用凭证”。它涉及到小区内的诸多重要事务，如经业主大会表决通过的决议、公告，业委会依据授权作出的有效决议，公共收益分配，物业合同签署，维修资金使用以及对外公文发布等。因此，公章的保管必须严谨、安全，确保不被滥用或丢失。

针对您提到的“镇政府要求业委会公章在社区保存半年”的情况，如果这一做法没有明确的法律法规依据，且未经业主大会或业主委员会的同意，那么这种做法可能涉嫌干涉、插手业委会工作，超越了职权范围，违背了业委会的业主自治性的基本原则。根据相关法律法规和业主自治的精神，业主大会的公章应当由业主委员会指定的专人保管，而不是由镇政府或社区居委会“代管”。

综上所述，业主大会的公章应当由业主委员会建立印章管理规定，并指定专人保管。这是业主自治的体现，也是确保公章安全、合法使用的重要保障。如果遇到公章被不当保管或干涉的情况，业主委员会可以依法维护自己的权益，确保公章的正常使用和管理。