特殊地域管辖不能对抗约定管辖，但需遵守专属管辖和级别管辖的规定。

首先，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。这是约定管辖的法律基础，体现了尊重当事人意思自治的原则。

然而，约定管辖并非绝对自由，它受到法律的限制。具体来说，约定管辖不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。级别管辖主要根据案件的性质、影响范围等因素确定不同级别法院的管辖权限；而专属管辖则是对某些特定类型的案件，法律规定只能由特定法院管辖，如因不动产纠纷提起的诉讼由不动产所在地人民法院管辖等。

特殊地域管辖，通常指的是根据案件的特殊性质或特定情况，法律规定由特定地域的法院管辖。这种管辖往往与案件的性质、发生地、影响范围等因素密切相关。在特殊地域管辖与约定管辖发生冲突时，应当优先适用专属管辖和级别管辖的规定。如果约定管辖没有违反专属管辖和级别管辖，那么约定管辖是有效的，特殊地域管辖不能对抗约定管辖。

综上所述，特殊地域管辖与约定管辖之间的关系并非绝对对立，而是需要在尊重当事人意思自治的同时，遵守法律的限制性规定。在处理具体案件时，应当综合考虑案件的性质、当事人的约定以及法律的规定，以确定最终的管辖法院。