针对您提出的“案件存疑不起诉后案件怎么办”的问题，这是一个涉及刑事诉讼程序多个环节的重要问题。以下是我为您详细梳理的存疑不起诉后案件的处理方式：
一、对被不起诉人的处理
立即释放与解除强制措施：
- 若被不起诉人（原犯罪嫌疑人）在押，检察院作出存疑不起诉决定后，公安机关应立即释放被不起诉人，并解除所有强制措施，如取保候审、监视居住等。同时，依法解除对被不起诉人财物的查封、扣押、冻结。
消除不良影响：
- 存疑不起诉意味着被不起诉人在法律上被视为无罪。司法机关有责任采取措施，如发布声明、更正相关记录等，以消除因刑事诉讼给被不起诉人带来的不良社会影响。
补充证据与申请复议：
- 被不起诉人若认为自己无辜，可积极寻找新证据，并向检察院提交，请求重新审查。若检察院维持原决定，被不起诉人还有权向上级检察院申请复议。
申请国家赔偿：
- 如因错误羁押或不当措施导致被不起诉人遭受损失，被不起诉人有权根据国家赔偿法申请赔偿。
二、对被害人的处理
告知权利与申诉途径：
- 检察院应将不起诉决定书送达被害人，并明确告知其申诉权利。被害人若不服决定，可在规定时间内向上一级检察院申诉，或直接向人民法院提起自诉。
提起自诉：
- 被害人若有充分证据证明被不起诉人侵犯其人身、财产权利，且检察院未予起诉，被害人可向人民法院提起自诉，通过司法程序维护自身权益。
三、对公安机关的处理
接收不起诉决定书与解除强制措施：
- 公安机关应正式接收检察院送达的不起诉决定书，并了解不起诉的具体理由。同时，若此前对犯罪嫌疑人采取了刑事强制措施，应立即解除。
补充侦查：
- 公安机关认为通过进一步侦查有可能获取新证据、完善证据链的，可以针对案件中的疑点和证据薄弱环节展开补充侦查工作。但补充侦查以二次为限，且每次应在一个月以内完成。
撤销案件：
- 若公安机关确认无法获取新的证据来消除存疑，或评估认为案件确实不存在犯罪事实，应依法撤销案件。
继续关注和重新立案：
- 公安机关不会因存疑不起诉而完全放弃对案件的关注。若后续发现新的事实或证据，且这些新情况足以表明犯罪嫌疑人存在犯罪行为，公安机关可以依法重新启动侦查程序，并重新立案。
申请复议或复核：
- 若公安机关认为检察院的不起诉决定有误，可以要求复议。若复议意见不被接受，还可以向上一级检察院提请复核。
四、对涉案财物的处理
- 对于被不起诉人在侦查中被查封、扣押、冻结的财物，若与案件无关，公安机关应及时返还；若为违法所得，则按相关规定处理，如上缴国库等。
五、综合建议
- 寻求法律援助：面对复杂的法律程序，当事人应积极寻求专业律师的帮助，以获得法律咨询、指导收集证据及代表沟通等全方位支持。
- 保持警惕与关注进展：即使检察院决定存疑不起诉，当事人也应密切关注案件后续进展，确保无遗漏重要信息或程序要求。
- 调整心态与恢复正常生活：经历法律程序后，当事人应努力调整心态，尽快恢复到正常生活中去，同时保持对法律的敬畏与尊重。
综上所述，存疑不起诉后的案件处理方式需综合考虑多方面因素，包括被不起诉人、被害人、公安机关及涉案财物的权益保护。当事人应根据自身实际情况和法律规定选择最合适的处理方式，并积极维护自身合法权益。