车祸医疗费是否要从赔偿款中扣除，这主要取决于赔偿款的性质和构成，以及事故责任划分等因素，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、赔偿款包含医疗费的情况
如果赔偿款是事故责任方根据法律规定或双方协商，一次性支付给受害方的，且该赔偿款中明确包含了医疗费、误工费、护理费、营养费等各项费用，那么在这种情况下，医疗费已经作为赔偿款的一部分被支付，无需再从赔偿款中单独扣除。因为赔偿款本身就是对受害方因事故所遭受的全部损失的补偿。
二、赔偿款不包含医疗费或医疗费单独计算的情况
赔偿款不包含医疗费：如果赔偿款是事故责任方除了支付医疗费之外，额外支付给受害方的其他费用（如误工费、精神损害抚慰金等），那么医疗费显然不会从这部分赔偿款中扣除。此时，医疗费应由事故责任方另行支付。
医疗费单独计算：在某些情况下，事故责任方和受害方可能就医疗费达成单独的赔偿协议，或者法院在判决时也将医疗费作为单独的一项进行裁决。在这种情况下，医疗费也是独立于其他赔偿款之外的，不会从其他赔偿款中扣除。受害方在收到医疗费赔偿后，如果还有其他损失（如误工费、护理费等），仍有权要求事故责任方进行赔偿。
三、特殊情况下的处理
保险理赔：如果事故涉及车辆保险，那么医疗费可能首先由保险公司进行赔付。在保险公司赔付后，如果赔偿款（包括医疗费和其他费用）仍然不足以弥补受害方的全部损失，受害方仍有权要求事故责任方进行补充赔偿。此时，医疗费已经由保险公司承担，不会从事故责任方的赔偿款中扣除（除非保险赔付不足部分需要事故责任方承担）。
责任划分：在事故责任划分不明确或存在争议的情况下，医疗费的承担也可能受到影响。如果最终确定事故责任方需要承担部分或全部医疗费，那么这部分费用将作为赔偿款的一部分进行支付，不会从已支付的赔偿款中扣除（除非之前已经预付了部分医疗费且需要调整）。
法律建议
保留证据：在处理车祸医疗费赔偿问题时，务必保留好所有相关证据（如医疗费发票、诊断证明、事故责任认定书等），以便在需要时证明自己的损失和事故责任。
协商或诉讼：如果与事故责任方在医疗费赔偿问题上存在争议，可以尝试通过协商解决；如果协商无果，可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
咨询专业律师：在处理复杂的交通事故赔偿问题时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况为你提供专业的法律建议和帮助，确保你的权益得到充分保障。
如果你在处理车祸医疗费赔偿问题时遇到任何疑问或困难，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的法律解答和帮助。