针对您公司已注销但对方公司仍有欠款的情况，以下是一些详细且具有深度的建议，帮助您申请执行并追讨债务：
一、明确责任主体与债务性质
确认公司类型：
- 首先，需要明确您公司的类型（如有限责任公司、股份有限公司、个体工商户、个人独资企业或合伙企业），因为不同类型的公司在注销后，股东或经营者的责任承担方式有所不同。
分析债务性质：
- 确认欠款是否属于公司注销前已存在的债务，以及是否有相关合同、协议或凭证作为证明。
二、审查清算过程与注销程序
检查清算报告：
- 审查公司注销时的清算报告，确认是否已通知所有已知债权人，并是否对债务进行了妥善处理。
- 如果发现清算过程中存在未通知已知债权人、虚假清算报告等违法行为，您可以依据《公司法》的相关规定，请求法院撤销注销登记，恢复公司主体资格，以便进一步追索债权。
追究清算责任：
- 如果清算组成员存在故意或重大过失，给公司或债权人造成损失，您可以依据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》的相关规定，要求清算组成员承担赔偿责任或对债务承担连带清偿责任。
三、采取法律措施追讨债务
提起诉讼：
- 如果对方公司拒绝偿还欠款，您可以向法院提起诉讼，要求对方公司偿还债务。
- 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明债务的存在以及对方公司的违约行为。
申请强制执行：
- 如果法院判决对方公司偿还债务，但对方公司仍不履行判决，您可以向法院申请强制执行。
- 法院将依法对对方公司的财产进行查封、扣押、拍卖等措施，以强制其履行判决。
行使代位权与撤销权：
- 如果对方公司怠于行使其到期债权，影响您的偿债能力，您可以依据《民法典》的相关规定，提起代位权诉讼，直接向对方公司的债务人追讨债务。
- 如果发现对方公司存在无偿转让财产等行为，损害您的利益，您可以依据《民法典》的相关规定，请求撤销该行为。
四、注意事项与建议
及时行动：
- 发现公司注销后仍存在债务问题时，应尽快采取行动，避免错过诉讼时效或丧失追偿机会。
保留证据：
- 保存与公司交易相关的合同、发票、付款凭证等证据材料，为后续法律程序提供支持。
寻求专业帮助：
- 面对复杂的法律问题，建议咨询专业律师或法律顾问的意见。他们可以根据您的具体情况，制定针对性的解决方案，并帮助您更好地维护自己的权益。
考虑和解或调解：
- 在诉讼或执行过程中，如果对方公司提出和解或调解方案，您可以根据实际情况考虑接受。和解或调解可以更快地解决纠纷，减少诉讼成本和时间。
综上所述，针对您公司已注销但对方公司仍有欠款的情况，您可以通过审查清算过程、采取法律措施、保留证据并寻求专业帮助等方式来追讨债务。希望这些建议能对您有所帮助。