企业规章制度中不可以直接规定罚款作为对员工的处罚措施。这是因为罚款是行政处罚的一种形式，根据我国相关法律法规，如《中华人民共和国行政处罚法》，罚款的行使主体具有法定性，通常只能由行政机关或法律授权的机构来行使。企业作为民事主体，并不具备这样的行政处罚权，因此在规章制度中直接设定罚款条款是不合法的，很可能被认定为无效。

然而，这并不意味着企业在面对员工违规行为时束手无策。在特定情况下，如员工因故意或重大过失给企业造成经济损失时，企业可以依据相关法律法规，如《工资支付暂行规定》，要求员工进行经济赔偿。这种赔偿可以从员工本人的工资中扣除，但扣除的部分有严格限制：每月不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。这样的规定既保护了员工的合法权益，也给了企业一定的救济途径。

企业在制定规章制度时，应当遵循合法、合理、民主和公示的原则。规章制度的内容必须符合国家法律、行政法规及政策规定，不得侵犯员工的合法权益。同时，规章制度应当公平、合理，避免过于苛刻或不合理的要求。在制定过程中，应当经过民主程序，如职工代表大会讨论通过，以确保员工的参与和意见表达。最后，规章制度应当向全体员工公示，确保员工了解并知晓相关规定。

为了替代直接的罚款措施，企业可以考虑设定绩效奖金考核制度等激励机制，以激发员工的工作积极性和创造力。对于员工的违规行为，企业可以采取警告、记过、降职等处分措施来纠正和管理，但这些措施也需符合法律法规的规定和企业的实际情况。

综上所述，企业在管理员工时，应当遵循法律法规的规定，采取合法、合理、民主的管理方式。虽然不能直接对员工进行罚款，但可以通过其他合法手段来维护企业的正常运营和员工的合法权益。