当被告人躲起来时，法院会根据案件的性质（民事、刑事、行政）以及诉讼阶段的不同，采取相应的处理措施。以下是对这一问题的详细解答：
一、民事诉讼中的处理
立案阶段：
- 若被告下落不明，法院仍会受理案件，并通过公告送达方式向被告送达法律文书。公告期满三十日即视为送达，之后法院将正常开庭审理。
审判阶段：
- 若被告已签收传票但拒绝出庭，法院可缺席判决，该判决与对席判决具有同等法律效力。
- 若被告未签收传票，法院将尝试其他方式送达，如直接送达、留置送达、委托送达、邮寄送达等。若仍无法送达，则进行公告送达后再按缺席判决处理。
- 若被告经过两次传票传唤仍不出庭，法院有权采取拘传措施，强制被告到庭。
执行阶段：
- 若判决生效后被告仍不履行义务并躲藏，原告可申请强制执行。法院将采取查询、冻结、划拨存款，扣留、提取收入，查封、扣押、拍卖、变卖财产等强制执行措施。
- 对有能力执行而拒不执行的被告，法院可根据情节轻重予以罚款、拘留；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
二、刑事诉讼中的处理
侦查阶段：
- 若犯罪嫌疑人逃跑，公安机关将采取通缉等措施追捕犯罪嫌疑人。各级公安机关在自己管辖地区内可直接发布通缉令，超出管辖范围则需报请上级机关发布。
审查起诉阶段：
- 若犯罪嫌疑人在逃，人民检察院应要求公安机关采取措施保证犯罪嫌疑人到案后再移送审查起诉。共同犯罪案件中部分犯罪嫌疑人在逃的，对在案犯罪嫌疑人的审查起诉应依法进行。
审判阶段：
- 在自诉案件中，若被告人下落不明，法院应说服自诉人撤回起诉或裁定驳回起诉。
- 在公诉案件中，开庭前被告人逃脱的，法院应决定中止审理，待被告人归案后再恢复审理。审理过程中被告人脱逃的，法院也应裁定中止审理，中止审理的原因消失后恢复审理，且中止期间不计入审理期限。
三、行政诉讼中的处理
被告无正当理由拒不到庭或中途退庭：
- 法院可缺席判决，根据原告提供的证据和陈述以及相关法律法规对案件进行审理并作出判决。
执行阶段行政机关拒绝履行：
- 法院可采取多种措施，如通知银行划拨款项、对负责人处以罚款、公告拒绝履行情况等。情节严重构成犯罪的，依法追究主管人员和直接责任人员的刑事责任。
四、后续处理与建议
追缉归案：
- 在刑事案件中，公安机关将启动通缉程序，运用技术侦查手段，鼓励公众提供线索，并与其他地区司法机关协作，甚至开展国际执法合作，以将犯罪嫌疑人缉拿归案。
积极配合法院工作：
- 作为原告或相关当事人，应密切关注诉讼进程，及时响应法院传唤和通知，提供被告行踪线索等信息，协助法院查找和送达。
申请财产保全：
- 为防止被告在诉讼期间转移、隐匿财产，可向法院申请财产保全，保障判决的执行。
总结：被告人逃跑并不能逃避法律制裁。司法机关将根据案件性质和相关法律规定，采取恰当的处理方式，以确保司法公正和法律的尊严得以维护。作为当事人，应积极配合法院工作，提供必要的信息和证据，以维护自己的合法权益。