公司制度对员工罚款是否合法需分情况讨论，具体分析如下：

1. 若罚款依据合法且程序正当，则可能合法
   根据《劳动合同法》第四条，公司制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等）并公示，内容不得违反法律强制性规定。若罚款制度符合以下条件，可能被认定为合法：

   • 罚款事由明确：仅针对员工严重违反规章制度（如旷工、泄露商业秘密等）或造成公司重大损失的情形，且罚款金额与损失程度合理匹配；
     
   • 罚款上限合规：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工过错造成损失的，公司可要求赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准；
     
   • 程序透明：罚款前需告知员工具体事由、依据及金额，并允许员工申辩或申诉。

2. 若罚款制度存在以下情形，则不合法

   • 罚款事由模糊或扩大化：如将“迟到5分钟”等轻微违纪行为纳入罚款范围，或以“未完成业绩指标”等非过错性理由罚款；
     
   • 罚款金额过高：超出员工当月工资20%或扣除后工资低于最低工资标准；
     
   • 未履行民主程序或公示：制度未经职工代表大会讨论、未向员工公示或未送达员工签字确认；
     
   • 以罚款替代管理：如通过频繁罚款变相克扣工资、强迫员工缴纳“保证金”等。

实务建议：

• 对员工而言，若遭遇非法罚款，可保留制度文本、罚款通知、工资条等证据，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 对公司而言，建议通过绩效考核、警告、解除合同等合法方式管理员工，避免直接罚款引发纠纷。
  

如有具体案例或制度条款需要分析，可直接向我咨询。