检察院免于起诉是否会有案底，需根据具体的不起诉类型及案情来判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法定不起诉（绝对不起诉）与案底关系：

   • 适用情形：包括情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪；犯罪已过追诉时效期限；经特赦令免除刑罚；依照刑法告诉才处理的犯罪且未告诉或者撤回告诉；犯罪嫌疑人、被告人死亡等。
   • 是否有案底：由于犯罪嫌疑人的行为不被认定为犯罪或者依法不应被追究刑事责任，因此不会留下案底。案底通常指的是犯罪记录，既然不构成犯罪，自然就不存在犯罪记录。

2. 酌定不起诉（相对不起诉）与案底关系：

   • 适用情形：犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的，如自首、立功、积极赔偿损失并取得谅解等。
   • 是否有案底：虽然检察院决定不起诉，但犯罪嫌疑人的行为已经构成犯罪，只是基于从宽情节等因素考虑而不起诉。因此，在实践中，酌定不起诉通常会留下案底记录。不过，值得注意的是，对于未成年人符合酌定不起诉条件的，应封存犯罪记录，以减轻对其未来的不利影响。

3. 证据不足不起诉与案底关系：

   • 适用情形：对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的。
   • 是否有案底：由于证据不足而无法确定犯罪嫌疑人有罪，故不会留下案底。然而，如果后续发现新证据且符合起诉条件，人民检察院可以重新提起公诉。在这种情况下，虽然之前没有留下案底，但重新起诉后若被认定有罪，则会留下犯罪记录。

额外影响与注意事项：

• 即使检察院作出不起诉决定，相关机关可能仍会保留案件相关资料。但这些资料不构成法律意义上的“案底”，对日常生活的影响相对有限。
• 检察院会将不起诉决定书送达给被不起诉人和其所在单位。被不起诉人在日后需要开具无犯罪记录证明时，可能需要对此进行解释和说明。
• 在入党、公务员政审等环节，也可能需要对检察院的不起诉决定进行特别的说明和审查。

总结与建议： 综上所述，检察院免于起诉是否留下案底取决于具体的不起诉类型及案情。对于法定不起诉和证据不足不起诉（若后续无新证据），通常不会留下案底；而对于酌定不起诉，则可能会留下案底记录。如果您或您身边的人遇到此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律解答和帮助。